研究構建綜合性的新生RNA數據庫
動態解析基因組轉錄調控是解讀細胞命運和疾病發生機制的關鍵。然而，傳統RNA測序技術受限于高豐度穩態RNA，難以捕捉轉錄活動的即時變化。近年來，新生RNA測序技術成為實時監測轉錄動態的關鍵工具。相較于傳統RNA測序技術，新生RNA測序技術可從新生RNA即時表達情況、轉錄暫停情況及非編碼轉錄調控元件的活躍情況三個層面提供轉錄調控信息。近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員鮑習琛團隊收集并整理了涵蓋22個物種、415項研究的3664個新生RNA測序數據集，構建了綜合性的新生RNA數據庫NaRaDa，并提供樣本質控信息，以確保用戶可篩選高質量數據集。進一步，NaRaDa鑒定了558574個來自不同物種的轉錄調控元件，用戶可通過感興趣的基因來探索，也可通過篩選具有特定處理或實驗條件的項目來獲取其對應調控元件。同時，NaRaDa支持用戶在線分析不同新生RNA數據集的轉錄調控變化，包括新生RNA表達差異、RNA聚合酶的暫停/釋放轉變以......閱讀全文
研究構建綜合性的新生RNA數據庫
動態解析基因組轉錄調控是解讀細胞命運和疾病發生機制的關鍵。然而，傳統RNA測序技術受限于高豐度穩態RNA，難以捕捉轉錄活動的即時變化。近年來，新生RNA測序技術成為實時監測轉錄動態的關鍵工具。相較于傳統RNA測序技術，新生RNA測序技術可從新生RNA即時表達情況、轉錄暫停情況及非編碼轉錄調控元件的活
綜合性的新生RNA數據庫構建成功
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員鮑習琛團隊成功構建了綜合性的新生RNA數據庫NaRaDa（http://www.narada.bio）。相關成果發表于《創新·生命》（The Innovation Life）。對基因組轉錄調控的動態解析是解讀細胞命運和疾病發生機制的關鍵。傳統RNA測序技
Science聚焦：球形RNA讓RNA療法重獲新生
幾十年來，RNA療法在治療遺傳疾病的道路上走得并不順遂。不過，隨著新型RNA（球形核酸SNA）在人體試驗中取得成功，這一領域似乎煥發出新的活力。Science網站特別撰文介紹了這項重要突破。 RNA療法一般是用反義RNA破壞疾病相關蛋白的生產。在美國化學學會(ACS)上周的一次會議上，研究人員
新生兒缺陷DNA比對能預防－山西將建我首個數據庫
我國首個出生缺陷基因芯片檢測數據庫年底將在山西建成。屆時，在婚前、孕前或孕早期，人們可以通過采樣(血或羊水)提取DNA進行比對，防止新生兒缺陷。 據悉，一次取樣可實現對300多種出生缺陷遺傳疾病的檢測，基本覆蓋山西和我國所有的出生缺陷種類。 今后，數據庫會逐步納入其他省份出生缺陷人口
開篇福利，NIST提供三類全新生物特征識別研究數據庫
近日，美國國家標準技術研究院（NIST）目前開始提供新的生物特征識別研究數據-指紋、面部照片和虹膜掃描。 這些專門為研究目的而創建的數據主要用于測試系統，該系統在授予訪問權限之前可以驗證一個人的身份-無論這個人是要進入一個房間還是入境一個國家。目前很少有可用資源來幫助開發人員評估構成這些系統核
北京基因組所合作開發完成長非編碼RNA數據庫
長非編碼RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年來國際研究的新熱點,與人類癌癥、神經系統等疾病發生密切相關，在疾病診療方面表現出了潛在的重大應用價值。雖然長非編碼RNA表達量相對較低，但由于其在轉錄、基因組印記、翻譯、可變剪切、轉錄后表達調控、蛋白運輸與定位等過程的
科學家發表非編碼RNA相互作用數據庫NPInter－v4.0
非編碼RNA對生物分子的調控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非編碼RNA被發現可以和蛋白質、RNA以及基因組相互作用，調控復雜生物過程。比如經典的長非編碼RNA Xist可以和X染色體相互作用并影響劑量補償效應。理解非編碼RNA和生物分子的相互作用對于研究非編碼RNA的功能以及
科研人員搭建首個跨物種、跨組織的衰老相關環狀RNA數據庫
環狀RNA（circRNA）是一類單鏈、閉合環狀的RNA分子，由mRNA前體通過反向剪切環化產生。相較于常規的線性RNA，circRNA有著獨特的結構特點，其不具備5'端帽和3'端poly(A)尾結構，也不存在游離末端，因此不易被核酸外切酶降解，從而比線性RNA更加穩定。circ
科研人員搭建首個跨物種、跨組織的衰老相關環狀RNA數據庫
環狀RNA（circRNA）是一類單鏈、閉合環狀的RNA分子，由mRNA前體通過反向剪切環化產生。相較于常規的線性RNA，circRNA有著獨特的結構特點，其不具備5'端帽和3'端poly(A)尾結構，也不存在游離末端，因此不易被核酸外切酶降解，從而比線性RNA更加穩定。circ
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表的文章數量，
GenBank數據庫概述（四）
NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹：1、 小鼠基因組 1) 小鼠基因組資源向導 ：把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來瀏覽）由
核酸數據庫的概念
中文名稱核酸數據庫英文名稱nucleic acid data bank定 義DNA、RNA序列的資料庫，主要包括已知序列名稱、DNA或RNA全序列及其特性，如啟動區、起始和終止密碼的位置、編碼區、限制酶切位點以及推導的翻譯產物蛋白質序列等。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），方法與技術（二級
GenBank數據庫概述（一）
1. GenBank屬于一個序列數據庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數據庫，一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學實驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖
GenBank數據庫概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。 2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載
GenBank數據庫概述（三）
結構： 1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數據庫（MMDB）和用來搜索和顯示結構的相關工具。 2、 MMDB：分子模型數據庫 — 一個關于三維生物分子結構的數據庫，結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brook
RNA干擾技術(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃爾大學的Su Guo博士在試圖阻斷秀麗新小桿線蟲（C. elegans）中的par-1基因時，發現了一個意想不到的現象。她們本是利用反義RNA技術特異性地阻斷上述基因的表達，而同時在對照實驗中給線蟲注射正義RNA（sense RNA）以期觀察到基因表達的增強。但得到的結果
RNA提取時RNA降解原因
1 ) 新鮮細胞： 裂解液的量不足，使得裂解不充分。 2 ) 新鮮組織： 某些含有內源性核酸酶的樣品，很難避免RNA酶的降解，建議采用的方法為在液氮條件下將組織研碎，并且，勻漿時采用更多的裂解液。 3 ) 冷凍樣品： 樣品取材后應該迅速置于液氮中冷凍存放，然后轉移到-70℃冰箱存
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物體內特定基因由于種種原因不表達的遺傳現象。一方面，基因沉默是生物遺傳操作創造新的遺傳修飾生物（genetically modified organisms）的障礙，另一方面，它又是植物抵抗外來核酸入侵（如病毒）的一種反應，為植物抗病毒的遺傳育
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技術可用在研究與胚胎發育相關基因的功能上，但是由于細胞分裂造成 dsRNA 的稀釋，使得這種方法在研究成體的基因功能時有一定的局限性。為彌補早期 RNAi 技術的不足，Tavernarakis 等將 RNAi 技術做了一些改進及更動，將目的基因之標的序列以反向重復的方式，由
QP2010農藥數據庫
Shimadzu氣質聯用的多種農藥庫 QP2010農藥數據庫
漢語語言產生數據庫發表
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517976.shtm
生命科學常用數據庫
The NationalCenter for Biotechnology Information.?http://www.ncbi.nlm.nih.gov/National Center for GenomeResources.http://www.ncgr.org/ncgr/ncgr.html?T
全球危險病毒數據庫上線
一個供研究人員共享危險病毒基因組的新數據庫，有望解決許多阻礙現有方法的問題。但前提是，必須說服研究人員使用它。據《自然》報道，這一名為Pathoplexus的數據庫于上個月啟動，數據庫背后的科學家團隊希望有更多研究人員分享已知和新出現的對公共衛生具有重要意義的基因序列。澳大利亞悉尼大學病毒學家Edw
美國更新食品摻假數據庫
9月5日食品安全新聞網消息，美國藥典委員會（USP）更新了食品摻假數據庫（FFD2.0）。食品摻假數據庫主要為行業、監管部門以及消費者預防和應對食品摻假事件發生提供技術支持。最新的FFD2.0涵蓋了科研文獻、媒體信息、食品監管記錄、司法裁決記錄中涉及食品摻假事件的各種信息。新版食品摻假數據庫將于
拉曼光譜免費數據庫
拉曼數據庫在物質鑒定和化學分析方面具有重要的作用。關于拉曼數據，我們一般會關注兩個峰的位置，分別是D峰和G峰。D峰和G-峰均是C原子晶體的 Raman特征峰，分別在1350cm-1和 1580 cm-1附近，D峰反應的是晶格的碳缺陷，G峰反應的是材料的碳化程度。I(D) / I(G) 是 D峰和G峰
RNA提取心得（組織RNA提取和培養細胞的RNA提取）
一.組織RNA提取 1.最好新鮮組織，這樣RNA提取的效果比較好，這是肯定的。 2. 如果不是新鮮的（最好在半年之內，-80℃或者液氮中凍存的）組織，注意不要反復凍融，從冰凍狀態拿到0-4℃，注意不要拿到常溫，待組織解凍后，用 DEPC泡過的剪刀剪一小塊組織，稱重后，放到預冷的勻漿器中，然后
RNA分離與分析實驗_分離RNA
實驗材料標記細胞試劑、試劑盒乙酸緩沖液儀器、耗材漩渦器實驗步驟1. 收獲標記細胞。2. 小心處置上清液，用含 0.3% SDS 的 10 mmol/L 乙酸緩沖液懸浮細胞沉淀，每 1 ml 壓積細胞用 10 ml 緩沖液。3. 于室溫用漩渦器振蕩裂解細胞。4. 加等體積的水飽和酚，充分混勻，于 60
RNA干擾相關知識RNARITS）
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing（RITS）：是一種組織染色質變型的復合物。RITS復合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白質，通過結合到異染色質的基因池上來促使異染色質上基因的沉默。
反義技術——RNA干擾（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干擾（RNA interference，RNAi）的發現使反義領域的研究增多。這種自然發生的現象最早是在秀麗線蟲中發現的（1），是序列特異性地使轉錄后的基因沉默的有力機制。由于最近兩年在RNAi領域取得的進步，已經有許多這方面的綜述發表（2-4）。RNA干擾是由長的雙鏈 RNA