NatCommun：通過整合細胞形態學和空間轉錄組學深度剖析腫瘤生態系統
埃默里大學（Emory University）的胡健團隊與得克薩斯大學MD Anderson腫瘤醫院的王凌華團隊在Nature Communications上發表論文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics，介紹了一種新的空間轉錄組數據分析框架。胡健和王凌華擔任共同通訊作者，博士生蔣嘉匯是該論文的第一作者。 METI是一種機器學習方法，它通過整合空間基因表達數據和病理學組織學特征，系統性地分析腫瘤生態系統。該方法結合了從先驗知識中獲得的基因表達和細胞形態學特征，能夠準確識別并標注腫瘤細胞、免疫細胞及其亞群。如圖1所示，METI以空間轉錄組數據作為輸入，包括基因的空間表達矩陣、對應的H&E染色組織切片圖像，以及每個點位的X,Y坐標。它結合圖像分割和基因表達的方法......閱讀全文
Nat－Commun：通過整合細胞形態學和空間轉錄組學深度剖析腫瘤生態系統
埃默里大學（Emory University）的胡健團隊與得克薩斯大學MD Anderson腫瘤醫院的王凌華團隊在Nature Communications上發表論文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morp
Nat－Commun：揭秘轉錄因子“勘察”細胞基因組的分子機制
轉錄因子（TFs）是一種能調節基因表達的特殊蛋白，其能在完整的基因組中搜索并結合特殊區域來調節基因的表達；我們都知道，轉錄因子不僅能結合特殊的DNA序列，還能非特異性結合任何DNA鏈。這些非特異性的關聯就能夠明顯增加轉錄因子尋找特殊靶點的能力，然而目前研究人員并不清楚在掃描大量基因組、定位以及結
高深度空間代謝組學助力腫瘤微環境研究
腫瘤的發展除了與癌細胞自身基因突變導致的惡性增殖有關以外，還與腫瘤微環境息息相關。在癌癥中，正常組織中和諧的細胞相互作用關系被破壞，原本保護正常細胞生存的微環境在腫瘤細胞的影響下，逐漸演變成適應腫瘤生長的條件。針對腫瘤微環境的檢測和表征研究也可為癌癥治療提供新的思路。目前空間多組學技術已用于研究幾種
Nat－Commun：全基因組測序剖析腎癌形成的遺傳結構
近日，來自麥基爾大學等處的研究人員通過研究揭示了腎癌發病的遺傳結構，或為揭示馬兜鈴酸暴露和腎癌的發生率之間的關系提供一定的依據，相關研究刊登于國際雜志Nature Communications上。 文章中研究人員主要對一種名為透明細胞癌的腎癌進行研究，透明細胞癌占所有成人細胞癌的2.4%，每年
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
空間組學新技術破解腫瘤細胞早期空間侵襲模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大學醫學院分子醫學研究院楊朝勇團隊和附屬仁濟醫院泌尿科鄭軍華團隊開發了一種空間轉錄組學測序新技術Decoder-seq，并運用該技術探究了早期腎細胞癌（RCC）兩種亞型腫
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
Nat－Commun：發現DNA包裝蛋白和腫瘤發展之間的關系
來自奧塔哥大學的科學家已經發現了兩種蛋白質的三維結構，為為什么一些人會患上某些特殊的癌癥提供了答案。 在一項最新發表在《Nature Communications》上的研究中，一個由奧塔哥大學生物化學系Peter Mace博士領導的研究團隊揭示了人體內控制DNA包裝的蛋白質——BAP1和ASX
NAT－COMMUN－|－蛋白質組學（TMT+labelfree）破譯衰老密碼
眾所周知，干細胞的老化被認為是導致組織和器官老化的根本原因，尤其是在高周轉率的生物系統中，比如造血作用。隨著干細胞的老化，受損組織被替換的潛能也會隨之減弱，在人體中，貧血，適應性免疫系統能力的下降，以淋巴細胞為代價的骨髓細胞的擴張，以及頻發的血液系統惡性腫瘤，這些都已經被報道與衰老息息相關。但是
揭示整合單細胞和群體細胞轉錄組數據推斷細胞分化時間
近日，中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）馬普計算生物學伙伴研究所韓敬東研究組，中科院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾研究組，與清華大學沈沁研究組合作發表的論文，以Inference of differentiation time for single cell transcriptom
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechn
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
Nat－Commun：微生物組的可靠“時鐘”
盡管人類微生物組在過去幾年中受到了人們的廣泛關注，但一直以來難以觀察其在各種刺激下隨時間變化的情況。最常見的分析方法是從糞便樣本中提取細菌，然后對它們的基因組進行測序，但是這種方法會丟失腸道中細菌的位置和時間等關鍵信息。 如今，來自哈佛大學的研究人員創建的一種新工具提供了解決此問題的方法，他們
單細胞和空間組學技術在肝臟領域應用
近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞
Nat－Commun－|－蛋白質組學揭示病毒性肝癌治療靶點
發性肝癌是一種高度異質性腫瘤。其組織學病理分型可分為肝細胞肝癌、肝內膽管細胞癌和混合型肝癌三種類型。在亞洲，乙型肝炎病毒（HBV）或丙型肝炎病毒（HCV）感染在肝細胞癌的發生發展中起主要作用。在西方，酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝炎是更普遍的驅動因素。盡管阿替利珠單抗聯合貝伐單抗一線治療晚期肝癌取
學者開發PASSAGE加速大規模空間轉錄組學特征識別
中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院與北京大學生物醫學前沿創新中心/昌平實驗室合作，在國家自然科學基金、國家重點研發計劃等項目的資助下，開發面向大規模異質性空間轉錄組學切片的表征與空間特征解析方法PASSAGE。2月5日，相關成果發表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
我國學者在空間轉錄組學測序方面取得進展
圖 空間轉錄組測序技術Decoder-Seq的示意圖 在國家自然科學基金項目（批準號：21927806）等資助下，廈門大學楊朝勇教授團隊在空間轉錄組測序技術與應用上取得進展，相關研究成果以“解碼測序提高空間轉錄組測序的轉錄本捕獲效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
Nat－Commun：解決腫瘤細胞產生放療耐受性的新方法
最近一項研究發現腫瘤產生對放療耐受性的內在機制，以及如何通過現有藥物克服這一耐受性的方法。由于目前有40%的大型腫瘤都會產生對放療的耐受性，從而為腫瘤的治療帶來障礙，因此這一發現為這一巨大難題提供了新的解決方法。 “長期以來我們已經知道放療會導致炎癥反應，而此前研究也表明STING分子是調節這
Nat－Commun：腫瘤干細胞如何誘導三陰性乳腺癌的發生？
最近來自克利夫蘭臨床研究中心的研究者們發表在《Nature Communications》雜志上的一篇文章，一種新的干細胞信號通路能夠促進惡性乳腺癌"三陰性乳腺癌"的存活。 乳腺癌激素療法能夠阻斷癌細胞與激素的相互作用，進而抑制其生長與擴散，而三陰性乳腺癌細胞由于缺乏這類受體，因此激素療法難以
與轉錄組學和蛋白組學比較，代謝組學有何優點
那年夏天Forever與轉錄組學和蛋白組學比較,代謝組學有以下優點：①代謝組學放大了基因和蛋白表達的微小變化,從而使檢測更容易；②代謝組學的研究不需建立全基因組測序及大量表達序列 標簽(EST)的數據庫,且代謝產物的種類要遠小于基因和蛋白的數目.③ 由于給定的代謝產物在每個組織中都是一樣的,所以研究
Nat－Commun：候選分子抑制癌細胞擴散
通過對有5萬多“小分子”的庫進行篩選，發現了一個潛在的候選分子，可以抑制癌細胞擴散到全身。相關研究刊登在Nature Communications雜志上。 細胞在我們的身體中經歷生長，分裂和死亡的連續過程，但是，當這一過程中出現差錯，會導致不受控制的細胞生長和腫瘤發展。不加制止的話，這種增長首
Nat－Commun：早期免疫細胞的功能特征
LMU研究人員的一項研究表明，在幼兒中發現的未成熟樹突狀細胞能夠誘導強大的免疫反應。結果可能導致改進的疫苗接種方案。（圖片來源：Www.pixabay.com） 樹突狀細胞是先天免疫系統的重要組成部分，是人體抵抗傳染原和腫瘤細胞的第一道防線。他們的工作是激活適應性免疫系統的T細胞，從而賦予針對
單細胞和空間組學技術在肝臟領域的應用
近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
轉錄組學新技術揭露細胞何時崩潰
買房關鍵看位置，細胞在人體內也有類似的生存法則。3月，來自美國得克薩斯大學的癌癥研究者在一場報告會上介紹了團隊新成果：在腫瘤細胞周圍，那些表面看似無恙的細胞，內部已有變化——它們比正常組織表現的更像腫瘤，且更易擴散。 據《科學》報道，這項成果的關鍵是空間轉錄組學技術，該技術能幫助研究者定位細胞