新研究直擊結核病基因組與耐藥性
數個獨立研究團隊為來自世界不同地區的結核分枝桿菌進行了全基因組測序，成果于9月2日發表在《自然—遺傳學》期刊上。相關研究有望為耐藥性結核病疫情的出現提供新見解，并為耐藥性測試和藥物開發提供新標靶。 美國馬薩諸塞州總醫院教授Maha Farhat領銜的研究小組，為全球123種具有代表性的結核分枝桿菌菌株(包括耐藥性菌株)進行了全基因組測序和分析。該研究小組借鑒了菌株之間的進化關系，開發出一種在微生物基因組中搜尋耐藥性標記的新方法，并在結核分枝桿菌的基因組中確認了39個與耐藥性有關的基因組區段。 來自美國新澤西醫學院的David Alland教授與其研究團隊，為滲入了一線抗結核藥乙胺丁醇的結核分枝桿菌菌株進行了基因組測序，并在63個臨床菌株中找到與研究結果相關的發現。他們的功能研究為一個多步驟、包含了基因突變相互作用的乙胺丁醇耐藥模型提供了支持理據。 最后，西班牙公共健康研究中心教授I?觡 aki ......閱讀全文
利用454技術進行結核桿菌全基因組測序有效追蹤疫情傳播
眾所周知，肺結核多數是由結核分枝桿菌感染肺部引起的肺部感染性疾病，已成為一個嚴重威脅人類健康的疾病。世界衛生組織(WHO)統計表明，全世界每年發生結核病800～1000萬，每年約有300萬人死于結核病，是造成死亡人數最多的單一傳染病。1993年WHO宣布“全球結核病緊急狀態”， 認為結核病已
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
全基因組測序鑒定非洲結核桿菌病原體早期感染情況
最近，發表在《PNAS》雜志上的一項研究檢查了南非地區爆發的廣泛耐藥結核病流行株LAM4 / KZN的進化和流行病學歷史。 該菌株首次報道于2005年在夸祖魯-納塔爾省的圖格拉渡輪，此后已在全省廣泛傳播。這項新研究確定了促進XDR-TB菌株疫情爆發的關鍵宿主，病原體和環境因素，以及可以采取的早
PNAS：全基因組測序鑒定非洲結核桿菌病原體早期感染
最近，發表在PNAS的一項研究檢查了南非地區爆發的廣泛耐藥結核病流行株LAM4 / KZN的進化和流行病學歷史。 該菌株首次報道于2005年在夸祖魯-納塔爾省的圖格拉渡輪，此后已在全省廣泛傳播。這項新研究確定了促進XDR-TB菌株疫情爆發的關鍵宿主，病原體和環境因素，以及可以采取的早期發現和遏
全基因組測序揭示結核分枝桿菌的抗生素“預抗性”特征！
細菌全基因組測序的最新進展讓研究人員成功繪制出了結核分枝桿菌抗生素耐藥基因組特征的完整目錄；近日，一篇發表在國際雜志Nature Communications上題為“Genomic signatures of pre-resistance in Mycobacterium tuberculosi
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇的原因卻不
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
全基因組研究解碼口吃根源
口吃跨越不同語言和血統，影響著全球約7000萬人。過去，許多人認為口吃能夠通過自主控制來改善。但數十年來的研究表明，口吃實際上是一種高度遺傳的不可控疾病，其原因復雜且模糊。而一項7月28日發表于《自然-遺傳學》上的研究讓口吃的部分原因變得清晰。 研究人員利用基因檢測服務公司23andMe的龐大
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
宏基因組學技術測序木乃伊的肺結核基因組
來自華威大學的研究者使用宏基因組學技術發現215年之久的木乃伊的肺結核基因組。 由Mark Pallen帶領的研究團隊試圖用技術來發現組織學標本中的肺結核的DNA。 宏基因組學是一種從樣本中檢測DNA序列的技術，并且樣本不需要培養或擴增。這種方法避免了與細菌培養或DNA擴增
根除結核不是夢：新的全血分析技術
根除結核（TB）的難點之一是難以鑒別潛伏性結核感染（LTBI）。結核菌素皮試（TST）和干擾素-γ釋放試驗（IGRAs）均不能鑒別潛伏期和活動期結核，也無法預測再次活躍的時機。發表于Journal of Molecular Diagnostics雜志上的一篇研究指出，針對8名個體的免疫標記的多靶點、
印度繪制出結核桿菌基因組圖譜
印度科學與工業研究理事會會長布拉姆哈查里近日宣布，印度研究人員成功繪制出了結核桿菌的基因組圖譜，這將有助于研發有效治療結核病的新型藥物。 綜合當地媒體報道，來自印度全國的數百名研究人員參與繪制出了包含4000個基因的結核桿菌基因組圖譜。 據悉，印度將在互聯
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
中國樹鼩全基因組解析完成
中科院昆明動物研究所張云研究員課題組與深圳華大基因研究院合作，解析了新型實驗動物中國樹鼩的全基因組，系統評估了樹鼩作為藥物研發實驗動物的特征和優勢。研究近日發表于《公共科學圖書館·綜合》。 研究不僅為中國樹鼩用于新藥研發的藥效學、藥理學和毒理學評價提供了系統的基礎信息數據和科學依據，而且揭示了
中國種茶樹全基因組密碼破解
記者從安徽農業大學獲悉，該校茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室宛曉春教授研究團隊，聯合深圳華大基因等單位，破解了世界上分布最廣的中國種茶樹的全基因組信息，成果日前在線發表于《美國科學院院刊》上。 世界主栽茶樹分屬兩個變種：即中國種和阿薩姆種，前者葉小，分布廣泛，適制綠茶等六大茶類；后者葉大，主
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
白菜甘藍油菜全基因組序列測定
? 由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果,獲得了白菜全基因組的精細圖,甘藍和油菜全基因組的框架圖。 研究表明，白菜、甘藍和油菜的基因組大小分別約為5億、6.5億和11億個堿基對,白菜和甘藍含有的基因總數目分別約4.2萬和4.5萬個,油菜基因覆蓋度85%以上。該
關于全基因組測序的應用介紹
全基因組測序的應用：通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成SNP及基因組結構注釋。 DNA突變可誘發癌癥。吸煙過程中所釋放的>60種致癌化學物質可與DNA結合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進行化學修飾從而產生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結構，如果不被核苷酸剪切修復
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
研究發現全新全基因組組裝方法
十年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 英國時間12月9日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 這篇論文只有兩位作者，
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通