芯片實驗室讓單細胞基因分析更高效
本報訊據美國物理學家組織網近日報道，最近，加拿大英屬哥倫比亞大學與英屬哥倫比亞癌癥研究所、轉化與應用基因組學中心合作，開發出一種硅酮材料的芯片實驗室技術，能讓每個細胞像彈球機里的球一樣各就各位，然后進行基因檢測。這種“單細胞基因分析”技術使基因檢測更加靈敏迅速，有助于腫瘤分析和臨床疾病的診斷。本周出版的《美國國家科學院院刊》對該芯片實驗室進行了詳細介紹。 這種芯片實驗室大小跟一個9伏電池相當，能同時分析300個細胞。研究人員設計了一種路線，用液體載運細胞通過顯微管道和一個個小閥門，當細胞挨個進入各自的小空位時，它們的RNA就會被提取出來，經過復制用于進一步分析。 標準基因檢測要求使用大量細胞，才能得出由上千萬不同細胞平均化以后的“綜合圖像”，這會掩蓋細胞的真實屬性和它們之間的相互作用。“這就好比用混合水果慕絲來研究草莓和樹莓為什么不一樣。......閱讀全文
單細胞分離用于單細胞基因擴增
單細胞分離連接不同管徑大小的毛細玻璃針，可分離捕獲各種非貼壁狀態的單細胞和微粒等，如細菌、酵母、藻類細胞、植物花粉、原生動物單細胞、懸浮細胞、血液細胞、免疫細胞、卵細胞、各種懸液中單細胞及特殊標記的單細胞等。 單細胞分離用于各種類型的細胞分離培養、純化、檢測；獲得單克隆細胞；用于單細胞基因擴增，
單細胞分離用于單細胞基因擴增介紹
單細胞分離連接不同管徑大小的毛細玻璃針，可分離捕獲各種非貼壁狀態的單細胞和微粒等，如細菌、酵母、藻類細胞、植物花粉、原生動物單細胞、懸浮細胞、血液細胞、免疫細胞、卵細胞、各種懸液中單細胞及特殊標記的單細胞等。 單細胞分離用于各種類型的細胞分離培養、純化、檢測；獲得單克隆細胞；用于單細胞基因擴增，用
基因篩查進入單細胞時代
遺傳篩選是生物學中最有力的工具，它可以闡明復雜的生物過程。最近四項研究已經開發了一個新的遺傳分析方法，通過使用單個細胞作為微觀實驗室，測定擾動。這些研究開發了CROP-seq、PERTURB-seq和CRISP-seq技術，克服了現有基因篩查方法的局限性，并且可以分析一些原本無法分析的樣本。
Science：新型單細胞基因表達檢測技術
發表在最新一期《科學》(Science)雜志上的一篇研究論文，證實了一種新型的大規模平行測序技術可借助于新一代測序(NGS)在單細胞水平上檢測基因表達。 論文作者、來自Cellular Research, Inc公司的Christina Fan博士、Glenn Fu博士以及Stephen Fo
《細胞》：單細胞測序助力基因重組圖譜
來自斯坦福大學醫學院等處的研究人員發表了題為“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了來自一個成人男子91個
解析古老的單細胞基因組
單細胞的古細菌用肉眼根本看不到，甚至在使用顯微鏡時，也必須特別用心才能觀察到它們。近日由丹麥奧爾胡斯大學地質微生物學中心領導的一個國際研究人員小組，卻成功地從海底淤泥中獲得了四個古細菌細胞，并繪制出了每個細胞的基因組圖譜。這一突破性研究成果發表在著名的《自然》(Nature)雜志上。 “直
單細胞基因組突變檢測新突破
愛因斯坦研究人員已經開發并驗證了一種準確識別單細胞基因組中突變的方法。這種新方法可以幫助預測癌癥是否將在看似健康的組織中發展，在今天的自然方法的在線版本中發表的論文中被描述。相應的作者是Lola和Saul Kramer分子遺傳學主席Jan Vijg博士。 在科學家可以分析單個細胞的基因組之前，
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
靶向深度測序和單細胞基因測序的區別
1、目標序列靶向測序是一種對感興趣的基因組區域進行富集測序的研究策略。目標區域測序的主要優勢在于可針對特定區域進行測序，有效降低了測序成本，提高了測序深度，能夠更為經濟有效地研究特定區域的遺傳變異。2 單細胞測序是指單個細胞水平上對基因組進行測序。3、靶向測序步驟為 樣品準備、探針/引物設計、目標序
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
對瘧原蟲的單細胞基因組測序
美國圣安東尼奧，2014年5月8日——美國德克薩斯生物醫學研究所的科研人員和他們的同事開發出了一種分離單個瘧原蟲細胞然后對其基因組測序的新方法。這一進展將讓科學家能夠改進他們識別病人感染的多種類型的瘧原蟲的能力，而且還可帶來最佳的經設計的藥物何疫苗以應對這種主要的全球性殺手。瘧疾仍然是全世界最致
Nature發布單細胞基因組研究重要成果
在第一個基因組范圍的這類實驗中，研究人員獲得了對于小鼠胚胎如何首先從一個結構松散的細胞球開始轉變為小的結構化實體的新認識。這項由歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)和維康信托基金會-MRC劍橋干細胞研究所領導的單細胞基因組學研究發布在《自然》（Nature）雜志上。 原腸胚形成（Gastr
單細胞基因組擴增法的定量評估
近日， Nature出版集團旗下刊物Scientific Reports刊發南方科技大學副教授賀建奎課題組最新研究成果《單細胞基因組擴增法的定量評估及其在檢測單個海馬神經元基因拷貝數變異的應用》，從多個角度評估了三種最常用的單細胞基因組擴增方法。經過細致比較發現，MALBAC和GenomePle
靶向深度測序和單細胞基因測序的區別
1、目標序列靶向測序是一種對感興趣的基因組區域進行富集測序的研究策略。目標區域測序的主要優勢在于可針對特定區域進行測序，有效降低了測序成本，提高了測序深度，能夠更為經濟有效地研究特定區域的遺傳變異。2 單細胞測序是指單個細胞水平上對基因組進行測序。3、靶向測序步驟為 樣品準備、探針/引物設計、目標序
Science：人腦單細胞基因表達地圖訴說驚人發現
人類大腦被稱為世上最復雜的物質，里面有860億錯綜復雜的、相互連接的神經元和數量同樣龐大的膠質細胞。 有史以來人們對這一神秘器官一直充滿好奇：它能生產浪漫的愛情詩歌，也能生產嚴謹的科學公式。由最初小小的胚胎和一點干細胞出發，成熟的大腦從何而來？ 根據今天發表的《Science》，加州大學舊金
腫瘤基因專家致力挖掘單細胞大數據潛能
近年來，隨著測序技術的迅猛發展，單細胞測序技術已逐漸走入人們視野。2013年，單細胞測序技術成為《自然》評選的“Method of the Year”。大多數的基于NGS的基因檢測，都是在大量細胞宏觀水平上，對整個細胞群進行遺傳分析。單細胞測序技術則是在單個細胞的水平上，對其遺傳物質進行檢測，從
單細胞基因表達分析解密血液早期發育調控網絡
近日，著名國際期刊nature biotechnology發表了英國科學家的一項最新研究成果，他們應用單細胞基因表達分析與計算方法描述了血液發育的轉錄調控網絡。這項研究為分析器官發育的調控網絡提供了一種可行的方法。 研究人員指出，重建調控器官發育的分子途經受限于缺少對胚胎祖細胞進行研究的方法，
單細胞測序推進了基因組的發展領域
單細胞測序能夠幫助我們了解那些難以培養的微生物的基因組功能、了解遺傳鑲嵌功能在普通生物學功能或是疾病發生中的作用、腫瘤內在異質性對腫瘤發展以及耐藥性的影響、重新定義細胞亞型等等。 單細胞測序可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新的細胞類型，測序技術可謂是科技發展的一大創舉，它推進了基因
花生莖稈單細胞基因表達圖譜構建成功
廣東省農業科學院作物研究所花生遺傳育種團隊在國家重點研發計劃、國家自然科學基金等項目的資助下，成功攻克了花生莖稈單細胞基因表達圖譜構建的技術難題。近日，相關成果在線發表于《植物生物技術雜志》（Plant Biotechnology Journal）。花生莖稈單細胞基因表達圖譜構建。研究團隊供圖
單細胞基因表達譜揭示小腦細胞分化機制
盡管小腦（Cerebellum）體積僅為全腦的十分之一左右, 但其神經元數量大約占全腦的一半以上。近來研究表明，小腦不僅對運動的調節和維持有著重要作用，而且影響情緒、認知等高級功能。小腦發育異常和功能障礙與許多神經和精神疾病有關，例如共濟失調，震顫，自閉癥障礙和精神分裂癥等。了解疾病相關基因在小
Nature：用單細胞基因組探索多樣性
宏基因組研究極大地提高了我們對于細菌以及古細菌多樣性的理解。然而，環境宏基因組數據往往不容許個別物種的基因組組裝，因此，大多數完整的基因組序列來自于培養的微生物。如今，兩個新的大規模研究利用單細胞基因組，直接從未培養的環境樣本中恢復了細菌和古細菌基因組。 Rinke等人利用熒光活化性細胞分
單細胞基因表達分析的最新進展
將細胞培養板上的細胞放在顯微鏡下觀察。表面上，它們都一樣。實際上，它們一點都不相同。無論是DNA或RNA的水平，還是蛋白質或代謝物的水平，這些細胞相差甚遠，而這些差異可能對細胞行為產生深遠的影響。 多年來，研究人員一直缺乏工具，來高效拷問這些差異，不過今非昔比。有了新一代DNA測序儀和質譜儀，
Nature發布單細胞基因組學新技術
胚胎是如何形成我們肺臟、肌肉、神經和其他組織中的細胞的?一種新的方法可以解碼使得胚胎萬能細胞能夠增殖并轉變為機體許多特化細胞類型的遺傳指令。 一開始是一團相同的細胞，隨著增殖不斷地改變形狀和功能，最終變為我們肺臟、肌肉、神經和機體所有其他特化組織中的細胞。胚胎擁有這種創造奇跡的能力。
單細胞全基因組擴增技術大比武
2013年，權威技術期刊《Nature Methods》將年度技術授予了單細胞測序。正如社論中所說，每個細胞都是獨一無二的--它占據了獨特的空間位置，它的復制基因組中攜帶了獨特的錯誤。然而，過去以細胞群體為對象的研究只獲得了平均值，而忽略了異質性。目前多種新型分析技術，如NGS，都是為細胞群
芯片實驗室讓單細胞基因分析更高效
最近，加拿大英屬哥倫比亞大學與英屬哥倫比亞癌癥研究所、轉化與應用基因組學中心合作，開發出一種硅酮材料的芯片實驗室技術，能讓每個細胞像彈球機里的球一樣各就各位，然后進行基因檢測。這種“單細胞基因分析”技術使基因檢測更加靈敏迅速，有助于腫瘤分析和臨床疾病的診斷。本周出版的《美國國家科學院院
芯片實驗室讓單細胞基因分析更高效
本報訊據美國物理學家組織網近日報道，最近，加拿大英屬哥倫比亞大學與英屬哥倫比亞癌癥研究所、轉化與應用基因組學中心合作，開發出一種硅酮材料的芯片實驗室技術，能讓每個細胞像彈球機里的球一樣各就各位，然后進行基因檢測。這種“單細胞基因分析”技術使基因檢測更加靈敏迅速，有助于腫瘤分析和臨床疾病的診斷。本周出
單一基因或驅動單細胞到多細胞跳躍
從單細胞生命到多細胞生物的跳躍要比人們曾經認為的簡單。而且，看上去發生這種跳躍的途徑不止一個。酵母菌能演化形成像雪花一樣的多細胞生物體。圖片來源：Courtesy of Jennifer Pentz 單一基因的突變足以將單細胞的啤酒酵母變成多細胞生物體演化的“雪花”。同樣，當面對吞食單細胞的捕
謝曉亮：單細胞全基因組測序曙光初現
?謝曉亮 12月21日出版的美國《科學》雜志發表了題為《單細胞全基因組測序探索精子重組規律和遺傳缺陷》的論文。同時，該期《科學》雜志也將單細胞全基因測序列為2013年六大值得關注的科學領域之一。 該論文由美國科學院院士、哈佛大學教授謝曉亮課題組與北京大學生物動態光學成像中心（
單細胞基因組，一個新時代的到來
單細胞基因組旨在通過組學方法研究單個細胞。近年來隨著技術的發展，這一年輕的領域正在迅速成熟起來。單細胞基因組研究的前身可以追溯到用芯片檢測單細胞的基因表達。不過，新一代DNA測序才是單細胞基因組學的大功臣，這些技術的出現讓單細胞基因組研究最終一飛沖天。 2012年7月，Nature Biote