1、功能不同
tRNA：主要是攜帶氨基酸進入核糖體，在mRNA指導下合成蛋白質。
mRNA：將DNA中的gene轉錄成RNA并且運送出細胞核，經過剪接修飾后在核糖體上完成翻譯生成蛋白質。
rRNA：rRNA是核糖體的主要結構成分，具有肽酰轉移酶的活性；為tRNA和多種蛋白質合成因子提供結合位點；在蛋白質合成起始時，參與同mRNA選擇性的結合以及在肽鏈的延伸中與mRNA結合。
2、結構不同
tRNA：由一條長70~90個核苷酸并折疊成三葉草形的短鏈組成的。
mRNA：原核生物mRNA一般5'端有一段不翻譯區，3'端有一段不翻譯區，中間是蛋白質的編碼區，一般編碼幾種蛋白質，通常mRNA（單鏈）分子自身回折產生許多雙鏈結構。
rRNA：原核生物和真核生物的核糖體均由大、小兩種亞基組成。rRNA是單鏈，它包含不等量的A與U、G與C，但是有廣泛的雙鏈區域。在雙鏈區，堿基因氫鍵相連，表現為發夾式螺旋。
3、含量不同
tRNA：占RNA總量的13~16%左右。
mRNA：只占細胞總RNA的2%~5%。
rRNA：占RNA總量的82%左右。