卡 氏肺孢子蟲為單細胞生物，兼有原蟲和真菌的特征。卡氏肺孢子蟲主要有包囊和滋養體兩種形態。滋養體為可變多形體，有細足和偽足形成，類似阿米巴。包囊呈圓形，直徑4～6μm，囊壁內含有囊內小體(或稱子孢子)，完全成熟的包囊內一般為8 個，包囊是重要的診斷形態。卡氏肺孢子蟲寄生部位限于肺泡腔，成熟包囊進入肺泡后破裂，囊內小體脫囊后發育為滋養體，滋養體緊貼肺泡上皮寄生，增殖，包囊多位于肺泡中央。
