利用454技術進行結核桿菌全基因組測序有效追蹤疫情傳播
眾所周知，肺結核多數是由結核分枝桿菌感染肺部引起的肺部感染性疾病，已成為一個嚴重威脅人類健康的疾病。世界衛生組織(WHO)統計表明，全世界每年發生結核病800～1000萬，每年約有300萬人死于結核病，是造成死亡人數最多的單一傳染病。1993年WHO宣布“全球結核病緊急狀態”， 認為結核病已成為全世界重要的公共衛生問題。我國是世界上結核疫情最嚴重的國家之一。 然而細菌也一直處于不斷突變及進化的過程中，要對癥下藥就需要知道細菌的準確分型。傳統的細菌分型技術僅針對細菌的某幾個基因進行檢測，在傳染病疫情爆發時往往缺乏更具體的信息，于是在全基因組測序費用不斷下降的現在，研究者們也在嘗試用新一代的檢測技術對細菌進行分型，以發現傳染病爆發的傳播模式和幾率。 近期，據《PLoS Medicine》雜志報道，有研究者們利用454技術對86例人結核分枝桿菌進行了全基因組測序，并與傳統分型技術結果進行了比較。這86例細菌是從......閱讀全文
DNA的化學檢測項目介紹結核桿菌基因檢測（PCR）
結核桿菌基因檢測（PCR）介紹： 結核分枝桿菌在體外培養周期長，陽性檢出率不高，因此對臨床的早期診斷和確定藥物治療都帶來一定的困難，應用聚合酶鏈反應(PCR)技術檢測結核分枝桿菌，能大大提供結核分枝桿菌的檢出率和檢出特異性，有利于臨床即使治療。標本采自患者的痰、支氣管分泌物、腦脊液、心包積液、胸腔
全硫的測定
煤中全硫的測定采用艾氏卡法、庫侖法和高溫燃燒中和法，適用于裼煤、煙煤、無煙煤。在仲裁分析時，應采用艾氏卡法。73.11.5.1 艾氏卡法方法提要將煤樣與艾氏卡試劑混合灼燒，煤中硫生成硫酸鹽，然后使硫酸根離子生成硫酸鋇沉淀，根據硫酸鋇的質量計算煤中全硫的含量。試劑艾氏卡試劑 以 2 份質量的化學純輕質
土壤全氮測定
土壤全氮的測定技術和方法，儀器:控溫電爐,消煮管, 定氮儀蒸餾器、消化爐 試劑:1. 硫酸（GB 625—77）：化學純；2. 硫酸（GB 625—77）或鹽酸（GB 622—77）：分析純，0.005mol/L硫酸或0.01mol/L鹽酸標準溶液；3. 氫氧化鈉（GB 629—81）：工業用或化學
結核桿菌簡介
結核分枝桿菌（M.tuberculosis），俗稱結核桿菌（tubercle bacillus），是引起結核病的病原體。1882年由德國細菌學家郭霍（Robert Koch，1843-1910）發現并證明為人類結核病的病原菌，該菌可侵犯全身各器官，但以引起肺結核最多見。結核病是一種古老的疾病，全
結核桿菌介紹
? 結核桿菌（Mycobecterium Tuberculosis)引起結核病。對人類致病的有人型結核桿菌和牛型結核桿菌，非典型分枝桿菌也可引起類似結核樣病變，但少見。 一、生物學性狀 （一)形態染色 結核桿菌細長略彎曲，端極鈍園，大小約1～4×0.4um ，呈單個或分枝狀排列，無莢膜、無
結核桿菌介紹
結核分枝桿菌，俗稱結核桿菌，是引起結核病的病原菌。可侵犯全身各器官，但以肺結核為最多見。結核病至今仍為重要的傳染病。據WHO報道，每年約有800萬新病例發生，至少有300萬人死于該病。我國建國前死亡率達200-300人/10萬，居各種疾病死亡原因之首，建國后人民生活水平提高，衛生狀態改善，特別是開展
新一代測序技術之三國時代(中):Roche/454
? ? ? 454公司可謂新一代測序技術的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸測序法的超高通量基因組測序系統——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》雜志以里程碑事件報道，開創了邊合成邊測序（sequencing-by-synthesis）的先河
JAMA：全基因組測序用于臨床仍存在技術挑
據3月12日發表在《美國醫學會雜志》上的一則研究報告披露，在一項有12名成年人參與的探索性研究中，應用全基因組測序(WGS)與不完整的遺傳性疾病基因的覆蓋、檢測具有最高潛在臨床影響的基因變異的低復驗性，以及臨床報告發現的不確定性有關，盡管在某些案例中，WGS會發現基因變異株從而引入早期的醫療干預
羅氏454測序分析軟件升級
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包(v2.8)，能顯著改善其GS FLX+系統上長讀取鳥槍法測序的性能。這一測序平臺能帶來百萬個讀取，其讀長超過1000 bp。此次改進將讓研究人員發現更多復雜的遺傳變異，并揭開隱藏在基因組、轉錄組和宏基因組樣品中難以測序的區域下的生物學秘密。 羅氏
DNA測序454－焦磷酸測序簡介
該方法在油溶液包裹的水滴中擴增DNA（即emulsion PCR）,每一個水滴中開始時僅包含一個包被大量引物的磁珠和一個鏈接到微珠上的DNA模板分子（控制DNA濃度出現的大概率事件）。將emlusion PCR產物加載到特制的PTP板上，板上有上百萬個孔，每個微孔只能容納一個磁珠。DNA Pol
我國科學家完成普通野生稻全基因組框架圖譜繪制
2010年8月，中國科學院昆明植物研究所植物種質資源與基因組學研究中心中科院“百人計劃”和云南省首屆高端科技人才入選者研究員帶領的植物種質資源、基因組學與生物信息學團隊，歷時一年，運用新一代高通量測序技術以及基于高性能超算的生物信息學分析，對野生稻全基因組測序取得了階段性重大成果。日前
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
《自然》：新一代高速測序技術完成沃森基因組
該成果向個人化基因組的目標又邁進了一步 圖片說明：新測序出的堿基代碼排出的沃森頭像。（圖片來源：Nature）? 在4月17日的《自然》雜志上，美國的科學家發表了首個利用新一代高速測序技術得到的全基因組，而接受這一全基因組測序的不是別人，正是“DNA之父”詹姆斯?沃森。該成果標志著人類基因
全氮測定試劑配制
土壤總氮的測定(半微量開爾文法)一、方法和原理開爾文法分為樣品消解和消解液中銨態氮的定量測定兩個步驟。(1)樣品消解當樣品用濃硫酸高溫消解時，各種含氮有機化合物通過復雜的高溫分解反應轉化為銨態氮(硫酸銨)，這種反應總稱為開爾文反應。上述消化不包括所有的硝態氮。如果必須包括硝酸鹽氮和亞硝酸鹽氮的全部測
結核桿菌標本留取
當你懷疑有肺結核就診時，首先要進行胸部透視，醫生若發現你的肺內有異常陰影，就會給你作痰液檢查．查痰，就是用顯微鏡查找結核 桿菌，痰內一旦發現結核菌，肺結核的診斷便可確定，查痰是診斷肺結核，發現傳染源最準確的方法．另外，病人在治療過在中醫生也會 要求你定期查痰，用以考核和評價治療效果．痰菌陽性
結核桿菌PCR鑒定
?? 從痰等臨床標本直接診斷結核分枝桿菌和非結核分枝桿菌也稱直接擴增試驗（Direct Amplification Test，DAT），主要是利用PCR技術特異性地擴增核酸片斷達到鑒定結核分枝桿菌的目的。RocheLight Cycler 熒光定量PCR儀，從標本處理、核酸擴增到產物鑒定
結核桿菌的檢測
結核桿菌與麻風桿菌是分枝桿菌屬中的主要病原菌。 結核桿菌菌體細長略帶彎曲，有分枝生長趨勢。 菌體含脂量高，與其抗酸特性、抵抗力特性、致病性與免疫 ?性等都有密切關系。 該菌營養要求高，生長緩慢，形成“菜花狀”菌落。一、結核桿菌檢驗程序 結核病人病灶中查到結核桿菌，是病原學診斷的重要
什么是結核桿菌？
結核分枝桿菌（M. tuberculosis）簡稱為結核桿菌（tubercle bacilli），是人類結核病的病原體。是專性需氧的一類細菌，抗酸染色陽性。無鞭毛，有菌毛，有微莢膜但不形成芽孢，其細菌壁既沒有革蘭陽性菌的磷壁酸，也沒有革蘭陰性菌的脂多糖。德國細菌學家郭霍（Robert Koch，
中國花生基因組計劃取得階段性研究成果
近日，由山東圣豐種業科技有限公司、廣東省農業科學院、山東省農業科學院和Macrogen千年基因聯合啟動的中國花生基因組計劃取得了階段性研究成果，該成果報告會于Macrogen千年基因圓滿舉辦。本次會議總結了中國花生基因組計劃的階段性研究成果及國際上花生基因組研究的進展，并討論了花生基因組計劃后期
利用454測序技術進行HIV耐藥檢測可提高靈敏度
? HIV耐藥性是指病毒對某種藥物敏感性降低，在某些核酸類藥物抑制下，病毒可通過自身基因突變獲得對這些藥物的抗藥性，而當有抗藥性的病原微生物再傳染他人時，即可對這些藥物產生抗藥性。由于HIV繁殖存在錯誤率高的逆轉錄這一獨特的復制過程，因此在藥物治療中也最易出現耐藥性。
新型CUT＆RUN技術實現單細胞全基因組定位
在一項新的突破性研究中，來自美國匹茲堡大學和馬薩諸塞大學醫學院的研究人員對一種稱為CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease）的方法進行改進，使得在使用少量細胞（包括單細胞和單個植入前胚胎）的情形下，它適合用來研究轉錄因子和
我國首次完成益生乳酸菌全基因組序列測定
由內蒙古農業大學“乳品生物技術與工程”教育部重點實驗室主持進行的益生乳酸菌L.casei Zhang的全基因組序列測定分析歷時15個月，近日全部完成。這是我國第一個獨立完成、具有完全自主知識產權的乳酸菌基因全序列測定，標志著我國在乳酸菌基因組學方面的研究達到國際水平。 L.casei Zhang是
我國首例輸入性裂谷熱病毒全基因組序列測定完成
記者從國家質量監督檢驗檢疫總局獲悉：7月24日凌晨，該局和軍事醫學科學院微生物流行病研究所聯合攻關，獲得了我國首例輸入性裂谷熱病例的病毒全基因組序列。 “測序結果確認了該輸入性病例為非洲流行的裂谷熱病毒感染所致。”軍事醫學科學院微生物流行病研究所研究員童貽剛告訴科技日報記者，經測定，該病毒基因
新一代超高通量基因組測序系統－GS－FLX開創科研無限新...
新一代超高通量基因組測序系統 GS FLX開創科研無限新可能GS FLX系統是由羅氏454生命科學公司推出的目前應用最廣的超高通量基因組測序系統，研究人員利用高準確性、長讀長的GS FLX系統快速的獲得高質量的生物數據，取得科研突破性進展。自GS系統問世以來，于世界頂級雜志共發表250余篇高質量
454用于人類微生物菌落項目
最近在Nature1及其他刊物中發表了多篇與人類微生物菌落項目(Human Microbiome Project)有關的文獻，該項目已歷時5年旨在發現人體不同部位的微生物菌落特征。而最近的這些文獻的發表只是該項目大量數據的初步分析結果，隨之而來的將是從更多分析方法角度帶來的新的思路
羅氏454追蹤“超級細菌”傳播途徑
2011年6月，一位女性肺部感染伴呼吸困難的患者被美國國家健康研究所的醫院收治，很快被確診感染了對多種抗生素具有耐藥性的肺炎克雷博氏菌，在其住院期間醫院使用了最嚴格的防止院內感染的措施，包括隔離病人、清潔病人所接觸的醫療器械等等。在其住院期間，未發現院內感染事件，病人于2011年7月治愈出院。然而，
高通量測序技術應用發展現狀
根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以下幾種：大規模平行簽名測序(MassivelyParallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆(Polony Sequencing)、454焦磷酸測序(454 pyrosequencing)、Illumina
全基因測序法分析STEC
產志賀毒素大腸桿菌（STEC）是引起人類疾病的重要食源性致病菌之一，該分離菌能引起溶血性尿毒綜合癥（HUS），導致人體腎衰竭。2011年7月，由STEC引發的疫情曾在德國北部造成了至少22人死亡。事件爆發后，科研人員借助于快速全基因組測序方法分析疫情，并開發出一種實時熒光定量PCR檢測試劑，精
全外顯子測序和全基因檢測的區別
全外顯子測序和全基因檢測的區別：全外顯子組測序，是指利用序列捕獲技術將只占基因組1%的外顯子進行高通量測序，從而檢測出約85%的致病突變，測序深度更高，數據更有效，變異檢測更準確。全基因組測序，是利用高通量測序平臺對一種生物的基因組中的全部基因進行測序，可以同時檢測到外顯子、內含子和調控序列，價格較
什么是高通量測序
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要