旋毛蟲病的潛伏期一般為 5～15d，平均 10d，但也有短為數小時，長達 46d 者。其臨床表現多種多樣，輕者可無明顯癥狀，癥狀不典型者常可導致誤診，重者可于發病后 3～7周內死亡。臨床表現可與致病過程相應地分為3期：
腸道期
由于蟲體侵犯腸粘膜而引起胃腸道不適。發病第一周內患者可出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀。也可出現便秘。嘔吐可在攝食后2h內突然出現并可持續 4.5 周。除嚴重感染者外，本期癥狀一般較輕微，常被患者忽視。患者在此期還可同時伴有乏力、畏寒及低熱等全身癥狀。患者在此期的死亡罕見，極個別病人死于此期是因廣泛性腸炎和嚴重腹瀉所致。
急性期
典型表現為持續性高熱、眼瞼和面部水腫、過敏性皮疹、血中嗜酸性粒細胞增多等變態反應性表現及全身性肌肉酸痛等。患者一般在發病后第二周出現持續性高熱、體溫常在 38～40℃ 之間，熱型以弛張熱為主（下午及夜晚高熱，次晨熱退），也可呈稽留熱、不規則熱或低熱，一般持續 2～4 周，重者可達6周，以后熱度逐漸下降。發熱的同時多數患者出現眼瞼、眼眶周圍及面部水腫，重者可伴有下肢甚至全身水腫。
全身性肌痛是本病最為突出的癥狀，肌肉腫脹，硬結感，壓痛與觸痛明顯，尤以腓腸肌、肱二頭肌及肱三頭肌為甚，患者常呈強迫屈曲狀而不敢活動，幾乎呈癱瘓狀態。部分病人可伴有咀嚼吞咽和說話困難，呼吸和動眼時均感疼痛，患者感覺極度乏力；水腫可遍及多個器官，如肺水腫、胸腔和心包腔積液等，可出現心力衰竭和顱內壓增高，甚至有心肌炎，肝、腎功能損害及視網膜出血的表現。少數病人則以呼吸道癥狀為主。
恢復期
隨著肌肉內幼蟲囊包的形成，急性炎癥消退，全身癥狀亦隨之消失，但肌痛可維持數月之久。重癥者可呈惡病質，虛脫，或因毒血癥、心肌炎而死亡。
上述臨床表現為旋毛蟲病典型的病程經過，常見于有食生肉習慣的西藏、云南等地以及嚴重感染者，而我國北方地區多數病人的癥狀一般較輕或不典型。我們對河南省 467例旋毛蟲病患者的臨床分析研究表明：除幾起因食生豬肉和“涮豬肉”引起的暴發病例及少數因食生豬肉餃子餡引起的嚴重感染者具有上述典型臨床表現以外，多數病人主要表現為長期不明原因發熱及四肢和腰背部肌肉酸痛，部分病人伴有早期眼瞼或（和）面部水腫，絕大多數病人無胃腸道癥狀，皮疹亦少見。還有部分病人肌肉疼痛也不明顯，僅表現為四肢關節疼痛、頸和腰背部疼痛或僅有四肢酸困乏力。少數病人表現為眼眶肌肉疼痛、眼球突出、球結膜下出血、視網膜靜脈曲張、視網膜出血、視力模糊、斜視、復視等。另有少數病人表現為皮下腫塊。
兒童患者的臨床表現更不典型，潛伏期長，病情較輕，主要表現為長期發熱和嗜酸性粒細胞增多。有些患兒可無肌痛，僅在體檢時有肌肉觸壓痛，可能與兒童神經系統發育不健全或語言表達能力差有關。
重癥患者在急性期內可出現心臟、中樞神經系統與肺部并發癥。表現為心包積液、心肌炎及支氣管肺炎等。并發心肌炎時，患者可出現心前區疼痛、悶氣、心悸、血壓降低，甚至休克、心音減弱，心動過速，可出現舒張期奔馬律；心電圖檢查有 ST-T 段和 T 波改變及各種心律失常。心肌炎約見于住院旋毛蟲病人的20% 。旋毛蟲性心肌炎可能是自然的炎癥反應，也可能是由免疫介導的，因在炎性心肌內發現有大量嗜酸性粒細胞存在，并且應用皮質激素治療炎癥可消失（ Ursell等，1984）。
中樞神經系統癥狀可表現為頭痛、腦膜刺激征、譫妄、定向力消失，甚至昏迷、抽搐、癱瘓等癥狀。神經系統癥狀發生于 10%～24% 的患者，常見于嚴重感染者，主要由于蟲體阻塞直接引起的血管紊亂或肉芽腫、水腫、出血及變態反應間接引起的血管紊亂所致。隨著治療方法的改進，因中樞神經系統并發癥引起的死亡已不常見，但 1985 年法國發生的因食馬肉引起的旋毛蟲病暴發中仍有 2人因嚴重的神經系統旋毛蟲病而死亡（另有3例病人因心力衰竭而死亡）。CT 和磁共振檢查發現中樞神經系統有多處病變存在。
肺部表現有咳嗽、咳痰、肺部 音、呼吸困難等，胸部 X 線檢查，肺門陰影增大，肺紋理增粗、增多、紊亂，肺部大小不等的斑片狀浸潤陰影及細結節影。部分患者的病變屬于間質性肺炎，表現為纖細不規則條紋狀增深影，沿肺門向外伸展交織成網狀，在網狀陰影間可見彌漫無邊際性粟粒點狀影。
實驗室常規檢查發現，在急性期白細胞總數多在（10～20）×109/L，絕大多數病人的嗜酸性粒細胞常明顯升高，有時病人被誤診為特發性嗜酸性粒細胞增多綜合征。但在發病早期（第一周），重癥患者及應用激素治療后的病人，嗜酸性粒細胞可不增多，但應用抗旋毛蟲藥物治療后嗜酸性粒細胞可明顯升高。[3]
對有中樞神經系統癥狀的本病患者檢查腦脊液標本時，也可發現嗜酸性粒細胞增多，偶可發現旋毛蟲幼蟲。黃本文等（1996）檢查有腦部癥狀的 98 例旋毛蟲病人的腦脊液標本時，發現 22例腰椎穿刺壓力增高，18 例蛋白增高，44 例細胞數增多，其中 83% 以嗜酸性粒細胞為主。此外，本病患者血清中肌組織特異的酶，如肌酸磷酸激酶、磷酸果糖醛縮酶、乳酸脫氫酶等，活性明顯增高。