NatureBiotechnology定義病毒基因組標準：何謂高質量基因組

　　據說，地球上的微生物總量超過了銀河系中的恒星數量，而且病毒總量也要比之前預計的多得多。

　　在最新的Nature Biotechnology雜志上，美國能源部（DOE）聯合基因組研究所（JGI）構建了重要的病毒序列數據庫，同時提出了病毒基因組標準，指出了三類基因組質量的分級。

　　目前雖然許多病毒未知，或者未在實驗室培養，但基因組測序和分析方面技術的機制，讓研究人員能夠從宏基因組和元轉錄組數據集中識別出超過750,000種未培養的病毒基因組。

　　質量和分析指南

　　“病毒是每個微生物生態系統中的關鍵組成部分，由于JGI生成了大量這些數據，因此對開發病毒基因組標準特別感興趣，”JGI研究人員，第一作者Simon Roux說，“我們只是部分研究人員，我們龐大的研究機構詳細審查了這些數據，并提供指導以幫助確定數據質量。此外，在本文中，我們希望提供的不僅僅是標準，而是包括了對這些數據進行何種類型的分析，幫助想要描述自己實驗室新型病毒的研究人員。”

　　培養病毒已經有了自己的數據質量標準，但這些標準不能直接應用于未經培養的病毒，這些病毒的序列通常是不完整的，并且某些屬性只能通過計算方法間接預測。

　　馬里蘭大學醫學院基因組科學研究所的GSC主席Lynn Schriml說：“未定義的病毒基因組群體共同確定了對于學界什么是值得報道和有價值的東西。”

　　基因組質量的分類

　　在這篇論文中，Roux等人指出了未定義病毒基因組的最小信息量，包括來源，病毒基因組鑒定方法和數據質量。JGI先前已經開發了用于報告最小元數據的標準。

　　“病毒序列數據和微生物組數據的巨大增長需要強大的標準和數據質量指標，從而研究人員能夠利用這些數據進行比較分析，”JGI Metagenome計劃負責人，文章通訊作者Emiley Eloe-Fadrosh表示，“通過建立和推廣‘best practices’，研究人員就可以打破數據可訪問性和可重用性的障礙，在最初的項目范圍之外擴大研究范圍。”

　　研究團隊提出了三類基因組質量：

　　“Genome fragments”是指由單個或多個片段組成，預測完整性小于90％，或者沒有預測基因組大小，注釋量小；“high-quality draft genome”代表的是基因組序列完成了90％或更多，片段gaps主要是重復區域。最后，“finished genome”是指由沒有gaps的單個連續序列組成的完整基因組和廣泛的注釋。