黃素蛋白種類很多，其輔基有兩種，一種為黃素單核苷酸（FMN），另一種為黃素腺嘌呤二核苷酸（FAD），兩者均含核黃素（維生素B2），此外FMN尚含一分子磷酸，而FAD則比FMN多含一分子腺苷酸（AMP）。
