顱內生殖細胞腫瘤的6種亞型又可分成2大類：即生殖細胞瘤和非生殖細胞瘤性生殖細胞腫瘤(Non-Germinomatous Germ Cell Tumors, NG-GCTs)，除成熟性畸胎瘤以外的NG-GCTs又稱為非生殖細胞瘤性惡性生殖細胞腫瘤(Non-Germinomatous Malignant Germ Cell Tumors, NG-MGCTs)
顱內生殖細胞腫瘤在顱內腫瘤中發病率較低,東南亞國家發病率較高，西方國家CGTs在顱內腫瘤中占0.3～0.5%，而在日本占2.1～9.4%，天壇醫院統計1996～2002年資料，CGTs則占同期顱內腫瘤的1.9%，顱內生殖細胞腫瘤的發生部位絕大多數在中線附近，如鞍上和松果體區，基底節及丘腦，少數可發生在側腦室、第三腦室、大腦半球、小腦半球或腦干等。
顱內生殖細胞腫瘤極具性別特點，即男性發病明顯高于女性。松果體區生殖細胞瘤中男性多見，基底節及丘腦生殖細胞瘤基本皆為男性，而鞍上生殖細胞瘤女性略占優勢。