高效液相色譜儀系統穩定，為了保持泵的良好運行性能，必須保持系統清潔，保證所用溶劑和試劑的質量。在進入高效液相色譜儀之前，必須對流動相進行過濾和脫氣。防止高效液相色譜儀泵發生故障需要不斷努力：
（1）使用高質量試劑和高效液相色譜儀溶劑有利于色譜柱泵；
（2）流動相和溶劑在使用前用優質材料過濾；
（3）流動相和溶劑從流動相和溶劑中去除；
（4）每次使用時，應清空廢氣，并在工作結束后將緩沖液或有害物質從泵和色譜柱中清除。不允許水和腐蝕性溶劑及其他有害物質停留在泵和高效液相色譜儀的色譜柱中；
（5）定期更換墊圈，如在線過濾器；
（6）嚴格遵守泵操作手冊中的建議。泵在良好的工作條件下，應能穩定色譜基線，保持時間具有良好的重復性。高效液相色譜儀在等洗脫過程中，壓力波動小于2%。梯度洗脫過程中的壓力變化應緩慢穩定。為了盡快排除高效液相色譜儀泵的故障，應準備好密封、單向閥、泵頭裝置、各種接頭、熔斷器等部件，以及更換工具。