1.急性期
（1）維持機體的水、電解質和酸堿平衡及營養。
（2）防治感染 選擇抗厭氧菌和需氧菌的抗生素。當病人持續發熱應及時行B超或CT檢查，以早期發現腹部膿腫并有效處理。
（3）控制腹瀉 禁食及胃腸外營養可抑制胃腸道蠕動和分泌，延緩胃腸道的排空，減輕腹瀉的程度。腹瀉難以控制者，可應用生長抑素和合成類似物皮下注射。
2.適應期
殘存腸管開始出現代償變化，腹瀉次數趨于減少。在保證足夠營養攝入的前提下，逐步用腸腔內營養代替靜脈營養，以預防小腸黏膜刷狀緣的酶活性減低。應早日恢復經口進食。此期，還應注意補充脂溶性維生素、維生素B12、鈣、鎂、鐵、礦物質藥物制劑。
同時，此期亦應特別注意腸外營養所致的并發癥，如刪除膿毒血癥、肝病、小腸細菌過度增殖等。
3.維持期
此期殘存小腸功能已得到最大代償，通常能耐受口服飲食，不需限制脂肪及將液體與固體分開，但仍有30%的患者在該期出現吸收不良現象，需定期測定血漿維生素、礦物質、微量元素濃度，并予補充調節治療。如經過非手術治療仍不能奏效的短腸綜合征，則需考慮手術治療。