多見于先天性食管狹窄(CES)、十二指腸壅積癥、同時少數食管異位組織的病例也出現此癥狀。
先天性食管狹窄是因食管胚胎發育過程中，氣管、食管隔膜基底部或食管側嵴中胚葉成分過度增生的結果，多發生在氣管分叉以下位置。先天性食管隔膜頗為少見。大部分食管腔被薄膜或纖維帶所阻隔，僅留可以通過流質食物的小孔。在嬰兒期可以不呈現臨床癥狀，開始進食厚糊狀或固體食物時即呈現吞咽困難。食管X線造影檢查顯示食管腔局限性狹窄，食管鏡檢查可以窺見病變，明確診斷。薄膜狀隔膜經食管鏡作擴張術可以治愈。隔膜堅韌者則需經剖胸切口，切除隔膜所在部位的狹窄段食管，再作食管對端吻合術。
在胚胎發育中，食管形成的空泡階段，多余的黏膜被吸收，空泡消失，但遺留下部分或完全的食管內黏膜環狀隔膜。另外有認為是由于食管發育過程中鱗狀上皮取代絨毛柱狀上皮細胞時過度生長所致。根據先天性食管狹窄的病理特點，Nihoul-Fekete(1987)將其分為3型：
1.膜狀蹼或膈形成：亦稱膜樣狹窄，是最罕見的一種類型，有人認為它是食管閉鎖的一種混淆形式，往往發生在食管中段或下段。膜或膈結構表面均有鱗狀上皮覆蓋，癥狀典型發作的年齡恰在進食偏重于進固體食物時。
2.纖維肌性肥厚：又稱特發性肌性肥厚或纖維肌性狹窄，是先天性食管狹窄中最常見的一種。組織學特點是黏膜下平滑肌纖維和纖維結締組織增生且有正常鱗狀上皮覆蓋，類似于幽門肥厚性狹窄，但沒有明確的胚胎和病源性因素來解釋這種病損。
3.食管壁殘存氣管、支氣管組織：又稱氣管原基迷入型狹窄，其氣管和支氣管殘存物可能是胚胎前腸頭畸形褶嵴的一部分。1936年Frey和Duschel首先報道1例19歲女性因死于賁門失弛癥而作尸解時發現。此后Holder等人(1964)專門注意1058例食管閉鎖嬰兒食管末端狹窄情況。1973年Spitz證實此病基礎是先天性病變。1991年以后在英、德文獻中報道了將近50例繼發于食管支氣管組織殘存物所致的先天性食管狹窄。先天性食管狹窄好發于食管的中上段或下段，有報道約 50%發生在食管的1/3段，25%發生在食管的下1/3段。纖維肌性肥厚狹窄多見于胸腔內食管或食管下部，而食管壁殘存氣管、支氣管組織型狹窄，則見于食管下部。[1]