大型透射電鏡
大型透射電鏡（conventional TEM）一般采用80-300kV電子束加速電壓，不同型號對應不同的電子束加速電壓，其分辨率與電子束加速電壓相關，可達0.2-0.1nm，高端機型可實現原子級分辨。
低壓透射電鏡
低壓小型透射電鏡（Low-Voltage electron microscope，LVEM）采用的電子束加速電壓（5kV）遠低于大型透射電鏡。較低的加速電壓會增強電子束與樣品的作用強度，從而使圖像襯度、對比度提升，尤其適合高分子、生物等樣品；同時，低壓透射電鏡對樣品的損壞較小。
分辨率較大型電鏡低，1-2nm。由于采用低電壓，可以在一臺設備上整合透射電鏡、掃描電鏡與掃描透射電鏡
冷凍電鏡
冷凍電鏡（Cryo-microscopy）通常是在普通透射電鏡上加裝樣品冷凍設備，將樣品冷卻到液氮溫度（77K），用于觀測蛋白、生物切片等對溫度敏感的樣品。通過對樣品的冷凍，可以降低電子束對樣品的損傷，減小樣品的形變，從而得到更加真實的樣品形貌。