超臨界流體色譜（SFC）技術是一種以固體吸附劑（如硅膠）或鍵合到載體（或毛細管壁）上的高聚物為固定相，以超臨界流體為流動相的色譜法。SFC通過控制壓力調節流動相的密度實現對被分離物質溶解度的調節，使不同物質分離。超臨界流體的溶解能力強，流動性好，傳質速率快，使該法具有分析速度快、選擇性好、分離效率高、分析條件溫和等優點。SFC可以與GC和HPLC所用的檢測器聯用，SFC用于青蒿素的分析有快速、專一性強的特點。
Marcel等采用CO2-SFE技術從黃花蒿中提取青蒿素，壓力15.15MPa、溫度50℃，并用3%甲醇做夾帶劑，在20min內完成了提取過程，緊接著用超臨界流體色譜結合火焰離子化檢測器（SFC-FID）進行定量分析。此連續過程不需要對萃取物進一步純化和前處理，并排除了色素的干擾，節省了大量的時間與精力，產量高于固相萃取法。
Mount等用電子捕獲－超臨界流體色譜（SFC-ECD）技術測定了血液中青蒿素和蒿乙醚的含量，檢測限分別為20ng·mL-1和5ng·mL-1。青蒿素在空氣中的穩定性較差，而SFC在青蒿素自然分解溫度以下亦具有很好的溶解性，從而保證了檢測的準確性。降低SFC流體中氧氣和水分的含量是檢測限的重要保證。