并發癥多見于慢性和晚期病例，以闌尾炎較多見。
血吸蟲病患者并發急性細菌性闌尾炎時易引起穿孔、闌尾炎膿腫、闌尾炎組織內蟲卵沉積，闌尾穿孔易引起彌漫性腹膜炎并發癥。
血吸蟲病患者的結腸病變嚴重時可產生結腸狹窄，引起排便困難以及其他腸梗阻癥狀。
在血吸蟲病腸道增殖性病變的基礎上發生癌變者并不少見。
