1、兩性解離與等電點：蛋白質分子中仍然存在游離的氨基和游離的羧基，因此蛋白質與氨基酸一樣具有兩性解離的性質。蛋白質分子所帶正、負電荷相等時溶液的pH值稱為蛋白質的等電點。
2、蛋白質的膠體性質：蛋白質具有親水溶膠的性質。蛋白質分子表面的水化膜和表面電荷是穩定蛋白質親水溶膠的兩個重要因素。
3、蛋白質的紫外吸收：蛋白質分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸殘基對紫外光有吸收（本質為苯環的特性），以色氨酸吸收最強，最大吸收峰為280nm。
4、蛋白質的變性：蛋白質受到酸、堿、尿素、有機溶酶、重金屬、熱、紫外光及X-射線等物理或化學的破壞，引起蛋白質自然之分子結構的改變，并引起生理活性的消失。 變性作用破壞了蛋白質的二級、三級、四級結構，一般不會影響其一級結構。變性蛋白質的特性：溶解度降低。生物活性消失。不能結晶。易受蛋白酶的水解。滴定曲線改變，因可滴定的官能基增加。-SH等基團的反應活性增加。
5、蛋白質的鹽析：和蛋白質的變性相對應，在蛋白質溶液中加入大量中性鹽，以破壞蛋白質的膠體性質，使蛋白質從溶液中沉淀析出，稱為鹽析，這是一種可逆的過程。常用的中性鹽有：硫酸銨、氯化鈉、硫酸鈉等。鹽析時，溶液的pH在蛋白質的等電點處效果最好。