色譜柱中的分離只是提供了環境，分子間的四種作用力還是存在的。1，色散力（dispersion force 也稱“倫敦力”）所有分子或原子間都存在。是分子的瞬時偶極間的作用力，2，誘導力（induction force）在極性分子和非極性分子之間以及極性分子和極性分子之間都存在誘導力。3，取向力（orientation force）取向力發生在極性分子與極性分子之間。由于極性分子的電性分布不均勻，一端帶正電，一端帶負電，形成偶極。4，氫鍵：X-H…Y類型的作用力。當用甲醇作為流動相時，有時氫健的作用力還是很強的。
極性分子與極性分子之間，取向力、誘導力、色散力都存在；極性分子與非極性分子之間，則存在誘導力和色散力；非極性分子與非極性分子之間，則只存在色散力。這三種類型的力的比例大小，決定于相互作用分子的極性和變形性。極性越大，取向力的作用越重要；變形性越大，色散力就越重要；誘導力則與這兩種因素都有關。但對大多數分子來說，色散力是主要的。實驗證明，對大多數分子來說，色散力是主要的；只有偶極矩很大的分子(如水)，取向力才是主要的；而誘導力通常是很小的。
在復雜的分離過程中，以上幾種力基本都會存在，只是顯現的主要程度不同，至今為止，色譜分離機理也沒能非常準確的描述，我們的認識還在不斷的提高。