1.免疫復合物及補體檢測
部分自身免疫性疾病活動期可出現循環免疫復合物增加及血清補體水平下降等情況，可對此兩項進行檢查，以判斷疾病活動情況。
2.交叉抗原檢測
某些病毒或細菌感染可引起自身免疫性疾病，如鏈球菌感染可引起風濕性心臟病，通過對交叉抗原檢測可明確病因。
3.淋巴細胞數量及比例檢測
免疫失調等免疫系統功能障礙可導致自身免疫系統疾病，通過淋巴細胞計數、T細胞、B細胞分類計數及CD4/CD8亞群比例測定等可評估免疫系統情況。常用流式細胞術進行檢測。
4.特異性致敏淋巴細胞
炎癥性腸病、外周性神經炎等自身免疫性疾病的發生可能同T淋巴細胞有關，進行此檢測可有提示作用。
5.病理檢查
根據患者癥狀及病史，有選擇性的進行活組織病理檢查對很多自身免疫性疾病的診斷具有決定性作用。