根據臨床表現及病史和有關檢查，腸瘺的診斷多無困難，但是，為了實施正確的治療，對腸瘺的診斷需明確以下重要問題：
1、腸瘺的位置與數目，即明確是高位腸瘺還是低位腸瘺，是單個瘺還是多發瘺。
2、瘺管的走行情況，如瘺管的形狀，長度，有無膿腔存在，是否與其他臟器相通。
3、腸道的通暢情況，是端瘺還是側瘺，瘺的遠端有無梗阻。
4、腸瘺的原因，是良性瘺還是惡性瘺。
5、有無腹腔膿腫和其他并發癥，瘺管的引流情況等。
6、患者的營養狀態和重要器官功能情況，是否存在水電解質和酸堿平衡紊亂。
為了明確上述情況，對腸瘺的診斷一般需要進行比較全面的檢查，包括實驗室檢查，影像學檢查，特別是胃腸和瘺管或竇道造影檢查。