糖化血紅蛋白自動分析儀采用離子交換HPLC法測定糖化血紅蛋白（HbA1c）。離子交換HPLC法，是利用能交換離子的材料為固定相來分離離子型化合物的方法。儀器使用陽離子交換柱進行HbA1c的百分比測定；當一定量的全血樣品被取樣針吸入到進樣裝置內，在稀釋部分被溶血釋放出紅細胞中的血紅蛋白Hb，并由稀釋液稀釋，稀釋好的已經溶血的樣品，由高壓泵注入離子交換柱。柱內的固定相是最新研發的非多孔性、不溶和可滲透的交聯高聚物，上面分布固定的帶電荷基團和能游走的配衡離子；樣品通過過濾器從交換柱頂端加入后，由三種不同濃度的鹽洗脫緩沖液（流動相）洗脫，使樣品向下移動。此時溶液中所含血紅蛋白Hb的各種組分即與固定相上能移動的離子進行交換，樣品中的血紅蛋白多種組分在固定相上連續進行可逆的交換吸附和解吸作用，而3種不同離子濃度的鹽液，形成線性梯度洗脫。全自動血紅蛋白分析儀能在1分多鐘內，將Hb中的多種成分分離，其中HbA1c、HbF、HbA1被有效、精確的分離；由交換柱流出的Hb成分到達儀器的檢測器，檢測器內裝有發射單色光的發光二極管，通過雙波長可見光比色法測定HbA1c、HbF、HbA1三個參數。儀器的檢測器檢測出分離后HbA1c、HbF、HbA1組分的吸光度值，與HbA1c標準品吸光度值比較，分析計算出結果，最后以百分率表示的Hb組分結果與色譜圖一起打印出來。
離子交換柱HPLC法對全血直接測定HbA1c，其批內和批間變異系數CV均可以小于1%，結果精確，HbA1c檢測結果不受存在的變異型血紅蛋白及其衍生物的影響，特別適合糖尿病人的監控。