1、肉毒桿菌中毒，肉毒桿菌毒素對神經肌肉接頭突觸前膜有強烈親合力。誤食肉毒桿菌污染的食物后，可出現全身無力，甚至呼吸肌癱瘓，顱神經麻痹也很突出，酷似肌無力危象。但病人有食物中毒的癥狀，常有同時中毒的流行病學資料。血清乙酰膽堿受體抗體陰性、抗膽堿酯酶類藥物無效。
2、其他如急性感染性多發性神經根神經炎、脊髓灰質炎、甲狀腺機能亢進等，均可表現有肌肉無力或眼球運動障礙，應與重癥肌無力鑒別。除依據以上疾病本身的特征外，必要時行肌電圖、騰喜龍試驗等可以鑒別。
3、先天性眼外肌麻痹主要表現為眼外肌麻痹，以上瞼下垂最為常見，或伴有眼球運動障礙，需與眼肌型重癥肌無力鑒別。但本病癥狀生后即出現，持續存在而無晨輕暮重現象。疲勞試驗陰性，血清乙酰膽堿抗體受體陰性。注射騰喜龍或新斯的明后癥狀無改善。