在農業部頒發了《農作物種子標簽二維碼編碼規則》之后，很多的種企會覺得又增加了一項生產條件，標志著種子生產的成本又要增加了，但是實際上從保障種子品質和安全生產以及種企管理的角度上來看，種子二維碼追溯系統的建設對于種企的發展有十分重要的作用。主要的作用和效果體現在以下幾個方面：
1、利用種子二維碼追溯系統，可以對市場做出快速反應，及時精準召回問題產品，降低企業損失。很簡單的一個例子，一旦產品出現質量問題，企業可以通過種子二維碼追溯系統精確查找哪個環節有無竄貨、責任人是誰等，并快速精準追溯、召回處理問題產品。
2、運用種子二維碼追溯系統能實現種子生產流通全過程追溯，對物流全過程追蹤、防竄貨。這一點的實現還有賴于種子二維碼追溯系統給每個種子產品都加上了一個二維碼，實現了一物一碼，企業通過它可以對產品出入庫、流通等一目了然，進一步規范生產。
3、借助種子二維碼追溯系統，企業可以建立與用戶溝通交流的起到，提升品牌影響力。有了種子二維碼追溯系統賦予的種子標簽二維碼，用戶在購買種子產品時，可以直接使用手機掃描產品包裝上的二維碼防偽查詢，了解種子產品的一系列詳情信息，而通過這樣的信息透明化展示，更有利于增加消費者的信任程度，提升品牌價值。
雖然《農作物種子標簽二維碼編碼規則》剛剛頒布，種子標簽二維碼的使用大家還比較陌生，但是隨著應用種子二維碼追溯系統的企業越來越多，大家會體會到該系統給企業、行業所帶來的改變，同時為農作人買到放心種子、我國農產品的豐收起到很好的保障作用。