硝基呋喃類原型藥在生物體內代謝迅速，無法檢測。但其代謝產物因和蛋白質結合而保證長時間穩定存在。所以一般以硝基呋喃類藥物代謝物為目標分析物的檢測，來達到檢測硝基呋喃類藥物殘留量的目的。
檢測前處理
在檢測前一般需要對樣品進行處理，一般分為洗滌、水解和衍生化及凈化等處理步驟，下面以國家標準檢測方法(GB/T20752-2006)和行業標準方法(SN/T 1627-2005)為例介紹一下檢測前處理的一般步驟。
洗滌
GB/T20752-2006:2g均質好的樣品，15ml的甲醇-水(2+1)，混勻1min，4000rmp離心，棄掉上清液。
SN/T 1627-2005:1g組織，不用洗滌。
水解和衍生化
GB/T20752-2006:加入20ml 0.2M鹽酸，加入0.3ml的衍生化試劑(75mg 2-硝基苯甲醛溶于10ml二甲基亞砜，0.05M)，37℃避光振蕩16h。
SN/T 1627-2005:加入30ml 0.125M鹽酸，加入1ml的衍生化試劑(100mg 2-硝基苯甲醛溶于12.5ml二甲基亞砜)，37℃避光振蕩16h。
凈化
GB/T20752-2006:加入5ml 0.1M的磷酸氫二鉀，并用1M氫氧化鈉調pH到7.4，離心上清液過HLB柱，5ml乙酸乙酯洗脫，40 ℃ 吹干，定容到1ml(10ml乙腈+0.3ml，用水定容到100ml)
SN/T 1627-2005:加入4ml 1M的氫氧化鈉，并用1M鹽酸和0.1M氫氧化鈉調pH到7-7.5，3000rmp離心10min，上清液倒入250ml的分液漏斗中，殘渣用5ml水洗， 3000rmp離心10min，上清液也倒入250ml的分液漏斗中，加乙酸乙酯40ml，振搖1ml，靜置3min，重復提取1次，合并乙酸乙酯，通過裝無水硫酸鈉的漏斗過濾至雞心瓶中，50 ℃ 旋蒸至3-5ml，再轉移到試管中， 50 ℃ 吹干，定容至1ml(0.1%乙酸:乙腈:甲醇 3:3:2)。
檢測方法
經過對樣品檢測前的處理后，就可以對樣品中的硝基呋喃類藥物代謝物殘留量進行檢測，有關豬肉、禽肉、水產品中硝基呋喃類藥物代謝殘留量測定的方法，國家有相應的檢測標準，也有相關的行業標準，另外文獻報道也有一些檢測方法。國家和行業標準檢測方法基本是液相色譜法或液相色譜-串聯質譜法，區別在于提取溶液和凈化方法上有差異，以及外標法或內標法定量的不同，檢出限大多為0.5ug/kg。文獻報道有固相萃取液相色譜-質譜法和液相色譜-串聯質譜組合法，其中前者與國家、行業標準檢測方法的檢出限相同，后者檢出限能達到0.03 ug/kg。