鹽酸美他環素膠囊具有廣泛的治療功效。
這種藥物可以用于治療多種感染性疾病，具體包括：
立克次體病，如流行性斑疹傷寒、地方性斑疹傷寒、洛磯山熱、恙蟲病和Q熱；
支原體屬感染；
衣原體屬感染，包括鸚鵡熱、性病性淋巴肉芽腫、非淋菌性尿道炎、輸卵管炎、宮頸炎及沙眼；
回歸熱；
布魯菌病；
霍亂；
兔熱病；
鼠疫；
軟下疳。
此外，鹽酸美他環素膠囊還可用于治療對青霉素類過敏患者的破傷風、氣性壞疽、雅司、梅毒、淋菌性尿道炎、宮頸炎和鉤端螺旋體病，以及放線菌屬和李斯特菌感染。對于中、重度痤瘡，它也可以作為輔助治療手段。