通常用32P標記DNA分子，而不標記蛋白質。電泳結束后，用放射自顯影技術顯現具放射性標記的DNA條帶位置。
如果細胞蛋白提取物中不存在與同放射性標記的DNA探針結合的蛋白質，那么所有放射性標記都將出現在凝膠的底部；
反之，將會形成DNA-蛋白質復合物，由于受到凝膠阻滯的緣故，放射性標記的DNA條帶就會出現在凝膠的不同部位。
