注射甲流疫苗不影響懷孕。但甲流疫苗衛生部定為孕婦慎用。新疫苗副作用正不斷觀察中。不知懷孕的已注射者，關注階段孕檢即可，做相應處理。已注射的建議半年后再孕，讓藥物衰減甚凈，做到優生。
科學研究顯示，在妊娠的任何時期接種流感滅活疫苗都是安全的、有效的，不會增加產后并發癥和不良妊娠的風險。妊娠期間接種流感疫苗還可以保護嬰幼兒。研究發現，接種了流感疫苗的孕婦，其保護性抗體能夠透過胎盤傳遞給胎兒。如果孕婦在妊娠中期活晚期接種疫苗，其抗體就能夠在嬰兒出生后提供平均2-3個月的保護。
