由于原發性膀胱輸尿管反流在許多小兒隨生長發育可自然消失，而且無菌尿的反流不引起腎損害，原發性膀胱輸尿管反流的治療原則是控制感染，保護腎功能，防止并發癥。藥物治療應該是首選。即使是嚴重的反流，如患兒年齡小，腎功能好，無生長發育障礙，也應考慮藥物治療。
1.藥物治療 所選擇的藥物應當是抗菌譜廣、易服用、價廉、對病兒毒性小、尿內濃度高、對體內正常菌群影響極小的抗菌制劑，應以其最小劑量而足以控制感染為宜。感染發作時使用治療量，感染被控制后改用預防量，預防量應為治療量的1/2～1/3，這樣很少引起不良反應。預防量睡前服用，是因夜間尿液在體內存留時間最長，更易引起感染。服藥時間一直持續到反流消失為止。反流程度明顯減輕的大齡兒是否應繼續服用預防性抗生素，目前尚無定論。
2.定期隨診 藥物治療期間，病兒應定期隨訪，每3個月做一次體格檢查，記錄身高、體重、血壓。實驗室檢查包括尿常規、血色素、白細胞計數等，每年做一次腎功能測定。以上檢查也要根據病兒的病情隨時調整。為了解尿液是否保持無菌，每1～3個月做一次尿培養，培養陽性應相應的調整治療。超聲可用于檢測腎臟的發育及腎盂和輸尿管的擴張情況，排尿性膀胱尿道造影在診斷后6個月重復檢查，以后每隔6～12個月重復一次，以后的檢查也可改用放射性核素膀胱造影。
3.注射固體物質 采用膀胱鏡于輸尿管開口旁注射某些固體物質，如Teflon或膠原蛋白等，阻止尿液反流，是當前歐美地區應用比較多的一種非手術治療方法，尤其是注射用的固體物質的研究，開展得相當多。
(1)Tef-lon微粒：由于可滲入血流，引起肺、腦等關鍵臟器的栓塞，或在注射局部形成肉芽腫，至今尚未獲得美國食品和藥品監督局(FDA)的批準。
(2)Deflux：一種葡聚糖顆粒和1%的高分子透明質酸鈉各半混合而成的懸液，作為注射材料已有產品供應。
(3)組織工程化軟骨：近來也有采用組織工程化軟骨作為注射材料的報道，由于取自同一個體，因此沒有排異反應，而且能維持較長的時間。
4.手術治療 手術治療的指征是基于感染的控制和腎功能的發展，而并不是反流的程度。藥物治療不能控制尿路感染或不能防止感染復發；有進行性腎瘢痕擴展或新瘢痕形成時，要采用手術治療。膀胱輸尿管反流和梗阻并存、異位輸尿管開口、或伴有較大的輸尿管旁憩室、或輸尿管開口于膀胱憩室內時首先考慮手術。
抗反流的輸尿管膀胱再吻合術(或稱輸尿管膀胱再植術)有多種，術式分為經膀胱外、經膀胱內和膀胱內外聯合操作三大類。目前較常用的術式有Cohen輸尿管膀胱再吻合術、Politano-Leadbetter輸尿管膀胱再吻合術及Glenn-Anderson輸尿管膀胱再吻合術等。手術非常成熟，效果良好，成功率可達95%以上。