共缺失法
缺失帶來和基因突變相同的表型。由一次缺失所造成的突變只涉及相鄰接的基因，因此可以從缺失所帶來的基因突變的分析來測定一些基因的相對位置，這一方法被廣泛應用于酵母菌的線粒體基因的定位（見染色體外遺傳）。
根據基因行為的定位 基因的某些行為可以反映它們的位置。在細菌接合過程中“雄性”細菌的染色體基因按先后順序轉移到“雌性”細菌中。一些基因組較小的病毒，整個基因組往往作為一個單位轉錄。因此接合過程中基因轉移的先后、轉錄過程中轉錄的先后或DNA復制的先后都可以在某些特殊的生物中用來作為基因定位的手段。