圖 2. 抗體上常見的糖鏈結構的命名
圖 3 顯示的是用 250×0.2 mm 內徑整體柱分析 20 ng 利妥昔抗體得到的一級質譜圖。在 m/z 1800–5000 范圍內采集的質譜圖顯示了大分子蛋白質的典型電荷分布。插圖顯示的是 m/z 3269 時，放大的最大豐度電荷態（z=+45)，其很好地描繪了完整抗體 4 個豐度最高的糖型。
圖 3. 利妥昔抗體的單張全掃描質譜圖（10 個microscan），用 250×0.2 mm 內徑色譜柱分析 10 ng 利妥昔抗體。插圖顯示的是放大的最強豐度電荷態(z=+45)，觀察到的峰型代表該分子的不同糖型。
通過將完整一級質譜圖去卷積，獲得了四個最強豐度糖型的完整質量數和一系列較低豐度糖型的質量數（如圖 4所示）。根據蛋白序列計算得到的理論分子量并結合圖 2中各種預測糖鏈的結構進行峰歸屬。
圖4. 利妥昔抗體去卷積的質譜圖和不同糖型歸屬（上圖），5 個最強豐度糖型的理論質量數和測定質量數的對比（表）
為了獲得完整抗體的一級譜圖，我們對源內 CID 的設置參數進行了優化。該參數對獲得高質量的譜圖至關重要。
對于大多數蛋白質來說，源內 CID 一般在 25%-90% 較為適合，對于這個樣品來說，最優設置為 80% SID。
圖 5. 在不同 SID 設置條件下，1 ng 完整利妥昔抗體的一級質譜圖