氨肽酶種類繁多，將氨肽酶按照不同特性進行分類對人們認識和了解氨肽酶有著很大的幫助。關于氨肽酶的分類方式有許多種，如按底物特異性、按在細胞中所處的位置、按催化特性、按最適 pH 等進行分類，下面介紹主要的三種分類方式 ：
(1) 根據氨肽酶底物特異性的不同將氨肽酶分為兩大類：一類是具有嚴格的底物特異性的氨肽酶，它們只能特異性的水解某一種或一類氨基酸，例如，脯氨酸氨肽酶 PepX只能特異性水解 N 末端第二個氨基酸為 Pro 的肽段，而氨肽酶 A 只能特異性的水解N 末端第一個氨基酸是酸性氨基酸（天冬氨酸或者谷氨酸）的肽段；另一類氨肽酶具有較廣泛的底物譜，能水解大部分氨基酸，這一類氨肽酶一般會按照它們的最適反應底物進行命名，例如，亮氨酸氨肽酶對于 N 末端是亮氨酸的底物水解能力最高，同時它還能水解其它脂肪族疏水性氨基酸和堿性氨基酸，而賴氨酸氨肽酶除了能有效地水解 N 末端為賴氨酸和精氨酸的肽段外還能水解其它一些脂肪族疏水性氨基酸。
(2) 根據氨肽酶催化方式的不同可將氨肽酶分為三類：金屬（metallo）、半胱氨酸（cysteine）、絲氨酸（serine）氨肽酶。大部分報道的氨肽酶都是金屬氨肽酶，約占總數的 70%左右。常見的金屬離子有 Zn2+、Co2+、Mn2+等，一般金屬氨肽酶的活性中心含有 1-2 個金屬離子，在催化過程或者穩定蛋白質結構方面起著重要的作用。與金屬氨肽酶相反，半胱氨酸和絲氨酸氨肽酶催化過程中不需要金屬離子的輔助，其活性中心分別含有關鍵基團 Cys 和 Ser，催化肽鏈斷裂時起親核攻擊的作用，這兩類氨肽酶較為少見，各自所占比例不到 20%。
(3) 根據氨肽酶最適反應 pH 的不同可將氨肽酶分為三類：酸性（Acidic）、中性（Neutral）和堿性（Alkaline）氨肽酶。一般我們把最適 pH 為 2.0-6.0 的叫作酸性氨肽酶，pH為 6-8 的稱為中性氨肽酶，pH 為 8.5 以上的稱為堿性氨肽酶。細菌來源的氨肽酶絕大部分屬于堿性氨肽酶。氨肽酶的最適反應 pH 一般為 6-9，只有少數氨肽酶不在該范圍內。
(4)根據氨肽酶在細胞中的定位不同，有些氨肽酶存在于細胞質中，有些氨肽酶存在于某些革蘭氏陽性菌的細胞壁上，還有小部分的氨肽酶可以與膜結合 。
氨肽酶根據不同的標準有不同的分類，且這些分類相互交錯，相互聯系，使得酶的分類更加的系統和完善。