通常細分為兩種系統：蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離氨基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。
其中鈉鹽系統一次最多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；
鋰鹽系統一次最多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。
