近代質粒DNA分離純化以從大腸桿菌中分離為代表，鑒于大腸桿菌（E.coli）在分子生物學研究中的重要地位，從大腸桿菌（E.coli）中分離純化質粒DNA（Plasmid DNA）成為超離心技術中一個重要課題。而質粒DNA的快速分離純化又對超離心設備（超速離心機、轉頭和附屬設備）提出了更高要求。
針對E.coli的顯微結構待點，在進行超離心分離純化質粒DNA之前的預處理順序是：
沉淀物可以在加入TE緩沖液（10mM Tris-HCL， lmM EDTA，pH8.0）后，采用分子篩技術去除蛋白和RNA； 也可以用超速離心法去除蛋白質和RNA，去線狀DNA或DNA斷片。
質粒DNA超速離心的分離方法
傳統的分離方法：數年前，由于受設備條件限制，質粒DNA的分離一般用CsCl平衡等密度離心法，自形成梯度。以10~12ml單管容量為例，用甩平轉頭分離，36.000rpm×60小時，用角式轉頭分離45,000rpm×36小時，前者包括加減速在內共用去1.3億轉驅動部壽命，后者也要用去1億轉驅動部壽命，這對當時超速離心機總壽命為100~200億轉來看，無疑每次實驗費用過高，加上CsCl用量多、價格貴等因素，使這類分離純化工作成為非常昂貴的實驗。