負責 5S RNA、tRNA 和部分 snRNA 基因轉錄的RNA聚合酶Ⅲ所必須的轉錄因子。TFⅢ A 是首先被發現的鋅指蛋白,由344個氨基酸組成。TFⅢ A 含有9個有規律的鋅指重復單位,每個單位30個氨基酸殘基,其中一對半胱氨酸和一對組氨酸與Zn2+形成配位鍵。每個鋅指單位是一個DNA結合結構域（DNA-binding domain）,每個鋅指的 C 末端形成α螺旋負責與DNA結合。這類Cys2/His2鋅指單位的共有序列（consensus sequence）是：Cys -X2~4 -Cys -X3 -Leu -X2 -His -X3 -His。哺乳類轉錄因子 SP1 也有類似的鋅指結構,由三個鋅指單位組成。另一類鋅指蛋白含兩對半胱氨酸,而不含組氨酸,如哺乳類細胞的甾體類激素受體蛋白。這類Cys2/Cys2鋅指單位的結合Zn2+的共有序列是：Cys -X2 -Cys -X13 -Cys -X2 -Cys。不同的鋅指識別不同的堿基序列,因為不同鋅指的氨基酸組成不一樣。