接合孢子是由菌絲生出的結構基本相似,形態相同或略有不同的兩個配子囊接合而成。
首先，兩個菌體各自向對方伸出極短的特殊菌絲，稱為接合子梗 (zygophore)。性質協調的兩個接合子梗成對地相互吸引，并在它們的頂部融合形成融合膜。兩個接合子梗的頂端膨大，形成原配子囊。
而后，在靠近每個配子囊的頂端形成一個隔膜--配子囊隔膜，使二者都分隔成兩個細胞，即一個頂生的配子囊柄細胞，隨后融合膜消解，兩個配子囊發生質配，最后核配。
由兩個配子囊融合而成的細胞，起初叫原接合配子囊。原接合配子囊再膨大發育成厚而多層的壁，變成顏色很深、體積較大的接合孢子囊，在它的內部產生一個接合孢子。應該強調的是，接合孢子囊和接合孢子在結構上是不相同的。
接合孢子經過一定的休眠期，在適宜的環境條件下，萌發成新的菌絲。