1.消除病因小腸憩室或手術后的盲襻、腸瘺、狹窄等結構異常原則上可進行手術糾正，但對某些患者(如多發性憩室、硬皮病)是不實際的。因此，應嚴格掌握手術指征，術中盡量避免上述情況的產生，合理建立循環襻的大小、多少。理論上，應用促動力藥有可能清除過度生長的細菌，但對盲襻、多發憩室等解剖異常者能否奏效，同時能否加重原發病的吸收不良(如短腸綜合征)有待探討。2.抗菌藥物治療從理論上講，對抗菌藥物的選擇應根據小腸腸腔中細菌的敏感性而定，但通常由于存在許多不同細菌種類并有非常不同的敏感性，故在此種情況下選擇是非常困難的。一般來說，應該遵循以下原則：盡量選用敏感性高，不良反應小，同時對厭氧菌，需氧菌均有效的抗菌藥物；對厭氧菌無效的抗菌藥物不宜選用，如青霉素、氨芐西林，口服氨基糖甙類、卡那霉素，新霉素等，用藥前先盡可能明確診斷，而避免采取經驗性治療。
(1)四環素：開始劑量250mg，4次/d，口服，如有效，腹瀉好轉，脂肪和維生素B12的吸收在1周內改善，但已有60%的患者用四環素治療無效。
(2)阿莫西林/克拉維酸鉀(安美汀)：每片含阿莫西林250mg及克拉維酸125mg，能有效地抑制需氧菌和厭氧菌群，糾正吸收不良，每次1～2片，4次/d。
(3)頭孢拉啶250mg，4次/d。
(4)氯霉素50mg/(kg·d)體重，分4次口服，在上述藥物無效時常顯示很好的療效。
(5)甲硝唑200mg，3次/d。替硝唑0.1g，3次/d。
多數病人在1個療程(7～10天)后效果顯著。對癥狀迅速復發者，采用周期治療，即每月治療1周，持續1～2個月，也能獲滿意效果，但要注意藥物的不良反應。
3.支持治療即使細菌過度生長得到滿意控制，營養支持療法也是必要的，脂肪瀉患者可減少食物中脂肪或用中鏈三酰甘油代部分脂肪，維生素B12、維生素K以及鈣等也應適當補充。