在心室水平產生左至右的分流，分流量多少取決于缺損大小。缺損大者，肺循環血流量明顯增多，回流入左心房室，使左心負荷增加，左心房室增大，長期肺循環血流量增多導致肺動脈壓增加，右心室收縮期負荷也增加，右心室可增大，最終進入阻塞性肺動脈高壓期，可出現雙向或右至左分流。
缺損小者，可無癥狀。缺損大者，癥狀出現早且明顯，以致影響發育。有氣促、呼吸困難、多汗、喂養困難、乏力和反復肺部感染，嚴重時可發生心力衰竭。有明顯肺動脈高壓時可出現發紺。本病易罹患感染性心內膜炎。
心尖搏動增強并向左下移位，心界向左下擴大，典型體征為胸骨左緣Ⅲ～Ⅳ肋間有4～5級粗糙收縮期雜音，向心前區傳導，伴收縮期細震顫。若分流量大時，心尖部可有功能性舒張期雜音，肺動脈瓣第二音亢進及分裂。有嚴重的肺動脈高壓時，肺動脈瓣區有相對性肺動脈瓣關閉不全的舒張期雜音，原間隔缺損的收縮期雜音可減弱或消失。