根據臨床癥狀和實驗室檢查可明確診斷。患兒出生或出生后不久出現嚴重感染，并且不易控制。血液一般檢測發現中性粒細胞計數絕對值長期低于0.5×10/L，通常少于0.2×10/L是重癥先天性粒細胞缺乏癥的主要標志。骨髓穿刺可發現早期粒細胞減少，基因檢測可進一步明確診斷。
