凝膠染色的目的是使其中的蛋白質能夠被觀察到。
目前還沒有通用的染色方法,只能在考慮多種因素如需要的靈敏度、線性范圍、方便程度、費用、以及成像設備類型等基礎上,結合實際進行選擇。有時也可以將蛋白轉膜后通過免疫印跡的方法來進行檢測。