華大等機構發布強大的基因組預測工具

　　植入前遺傳學診斷（PGD），被用來檢測親本傳遞給其體外受精（IVF）胚胎的大染色體異常或遺傳突變。然而，這種技術不能全面掃描胚胎的基因組以檢測自發突變。2月11日在《Genome Research》發表的一項研究中，來自華大基因科技、Complete Genomics、美國Reprogenetics公司和紐約大學生殖中心的科學家，開發出一種全基因組測序方法，使用來自人類胚胎的5到10細胞活檢，來檢測潛在的致病突變。

　　研究人員對來自兩個IVF胚胎的三份活檢組織進行了測序，以發現新生突變——卵子中自發產生的突變，并不是遺傳自雙親。這些類型的突變被認為可引起大多數的重度智力殘疾、孤獨癥、癲癇性腦病和其他先天性疾病。

　　因為在囊胚期胚胎中只能活檢5到10個細胞，因此測序之前需要進行DNA擴增。這種擴增過程中引入的幾千個錯誤似乎是從頭突變。直到現在，我們都很難從真正的新生突變中清理出測序錯誤。使用先前公布的方法——長片段閱讀（LFR）技術，研究人員利用DNA條形碼，將DNA片段分配到母系或父系基因組，能夠去除100,000以上的測序錯誤，比以前的研究減少約100倍的錯誤率。

　　本文共同通訊作者、來自Complete Genomics 的Brock Peters和Radoje Drmanac稱：“因為每個人攜帶平均少于100個新生突變，能夠檢測和分配這些突變的親本起源，這是許多疾病的成因，要求極低的錯誤率。”總體而言，研究人員在IVF胚胎中檢測到了82%的新生變化；這首次展示了可在一個PGD實驗中檢測到大多數的單堿基新生突變。

　　在一個胚胎中，研究人員在基因組的蛋白質編碼區域沒有發現任何新生突變。然而，在來自相同夫婦的另一個胚胎中，研究人員在znf266和 slc26a10基因中發現了兩個編碼突變，可能具有潛在的破壞性。然而，作者指出，目前還不清楚攜帶這些突變的孩子出生后是否會有任何健康后果。

　　Peters和Drmanac 說：“現在最大的一個障礙是，如何分析所檢測的突變所產生的醫學影響，以及如何根據這些結果做出決定。”

　　除了PGD，這種新方法可能在其他應用中也是有用的，在這些研究中細胞是有限的，例如對循環腫瘤細胞（CTCs）或循環胎兒細胞（CFC）進行測序，它們中的每一種都存在于血液中罕見的亞群。