急性咽炎的反復發作是導致慢性咽炎的主要原因。
1.咽部鄰近的上呼吸道病變
如鼻腔、鼻竇、鼻咽部的慢性炎癥，可因炎性分泌物經后鼻孔倒流至咽部刺激咽部黏膜；慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、慢性鼻竇炎、腺樣體肥大、鼾癥或鼻腔鼻竇及鼻咽部占位性病變等疾病由于影響鼻腔通氣，造成長期張口呼吸，引起咽部黏膜長期過度干燥而導致慢性咽炎；慢性扁桃體炎的慢性炎癥可直接蔓延至咽后壁，引起慢性咽炎；口腔炎癥如果不能得到及時控制，隨著炎癥擴散也可導致慢性咽炎。
2.氣候及地域環境變化
溫度、濕度的變化、空氣質量差、煙酒刺激、辛辣刺激性食物、粉塵、有害氣體及放射性照射也是導致慢性咽炎的原因。
3.職業因素
長期大量用聲者如教師、歌唱者及易感體質因素亦可引起本病。
4.全身因素
如貧血，消化不良，胃食管反流，心臟病（因血液循環障礙影響咽部靜脈回流造成咽部局部淤血），慢性支氣管炎，支氣管哮喘，風濕病，肝、腎疾病等，也可引發慢性咽炎。內分泌紊亂，自主神經失調，臭鼻桿菌及類白喉桿菌的感染，維生素缺乏及免疫功能紊亂等均與萎縮性及干燥性咽炎相關。
5.過敏因素
吸入性過敏原（包括季節性與常年性過敏原），藥物、工作環境中的化學刺激物及食物過敏原都可以引起變應性咽炎。