本病是世界性流行疾病，世界上有31個國家和地區流行本病。但主要流行于亞洲的中國和韓國，其次為歐洲的俄羅斯芬蘭和前南斯拉夫等國。非洲和美洲的病例較少，在世界各國中中國是重疫區，20世紀50年代報告病例為數以百計，60年代數以千計，70年代則數以萬計，80年代高達10萬計。通過滅鼠等防治措施，以及農民住房條件的改善，20世紀90年代以來發病人數有所下降除青海和新疆尚未發現病例外，其余30個省市、自治區均有病例報告，包括臺灣
1.宿主動物與傳染源根據國內外不完全統計有170多種脊椎動物自然感染漢坦病毒屬病毒。中國發現53種動物攜帶流行性出血熱病毒。主要宿主動物是嚙齒類，其他動物包括狗貓、家兔、野兔等，一般認為這類動物多為繼發感染不同地區主要宿主動物和傳染源不盡相同，中國主要以黑線姬鼠、褐家鼠為主要宿主動物和傳染源；其次為大林姬鼠、小家鼠和實驗用的大白鼠中國的山西、河南和城市疫區以褐家鼠為主要傳染源。林區以大林姬鼠、農村以黑線姬鼠為主要傳源。北歐及俄羅斯歐洲部分以棕背鼠、東歐以黃喉姬鼠、朝鮮以黑線姬鼠和褐家鼠日本以褐家鼠和大白鼠為主要傳染源
由于流行性出血熱患者早期的血和尿液中攜帶病毒，雖然有個別病例接觸后感染本病的報告，但人不是主要傳染源。
2.傳播途徑
（1）呼吸道傳播：鼠類攜帶病毒的排泄物如尿、糞、唾液等污染塵埃后形成的氣溶膠，能通過呼吸道傳播而引起人體感染。國內有多例實驗人員經呼吸道傳播而感染的事例。此外，亦有報告從流行性出血熱實驗動物房的空氣中分離出流行性出血熱病毒。
（2）消化道傳播：進食被鼠類排泄物所污染的食物，可經口腔或胃腸道黏膜而感染
（3）接觸傳播：被鼠咬傷和破損傷口接觸帶病毒的鼠類排泄物或血液后亦可導致感染
（4）垂直傳播：孕婦感染本病后病毒可以經胎盤感染胎兒。曾從感染流行性出血熱孕婦的流產胎兒臟器中，分離到流行性出血熱病毒。
（5）蟲媒傳播：盡管中國從恙螨中分離到流行性出血熱病毒，但尚有待進一步證實其傳播作用。
3.人群易感性和免疫力 人群普遍易感，在流行區隱性感染率可達3.5%～4.3%。HTNV感染患者特異性IgG抗體可維持1～30年，SEOV感染者IgG抗體多數在2年內消失。HTNV感染后對SEOV有一定交叉免疫力，SEOV感染者對HTNV的免疫力不強。
4.流行的季節性和周期性 本病雖然四季均能發病，但有明顯高峰季節，其中姬鼠傳播者以11月～次年1月為高峰，5～7月為小高峰。家鼠傳播者以3～5月為高峰，林區姬鼠傳播者以夏季為流行高峰。
本病發病率有一定周期性波動，以姬鼠和棕背鼠為主要傳染源的疫區一般相隔數年有一次較大流行，家鼠為傳染源的疫區周期尚不明顯。國內外研究證明流行高峰之前，主要傳染源密度增高，帶病毒率也增高。