顱咽管瘤有兩種組織學亞型：
1、一種是兒童常見的造釉型腫瘤，類似于口咽部的牙釉質形成腫瘤；
2、另一種是鱗狀乳頭型腫瘤，主要見于成人。
分子生物學研究提示，造釉型和乳頭型顱咽管瘤具有不同的遺傳學和表觀遺傳學發生基礎，這些差異既有助于明確腫瘤的病理分型，更為顱咽管瘤的分子靶向治療提供了理論基礎。
