1.血液一般檢測
血液一般檢測包括血常規、有形成分形態學觀察等，其中白細胞計數和分類百分比中發現中性粒細胞絕對計數持續性減少可以作為診斷依據。有形成分形態學觀察可發現粒細胞極度降低或缺失，淋巴細胞相對增多，中性粒細胞核左移或核分葉過多，胞質內常見中毒顆粒及空泡。
2.骨髓細胞學檢測
骨髓細胞學檢測包括骨髓細胞形態學檢查、骨髓病理學檢查等，可發現骨髓各階段粒細胞均明顯減少，或僅有一定數量的原始和早幼粒細胞。在恢復期早期骨髓中原始和早幼粒細胞先增多，出現類白血病骨髓象，以后逐漸恢復正常。
3.基因檢測
ELA2、Gfi-1、WAS、HAX1、G6PC3、VPS45、JAGN1、CSF3R等多種基因突變均可引起重癥先天性粒細胞缺乏癥，其中ELA2基因突變最常見，占60% 左右。基因檢測可以明確發病是否與基因突變有關。