中耳炎、乳突炎、鼻竇炎、顱骨骨髓炎及顱內靜脈竇炎等化膿性感染病灶可直接向腦內蔓延，形成腦膿腫。其中以慢性中耳炎、乳突炎導致的腦膿腫最為多見，稱為耳源性腦膿腫，約占全部腦膿腫的50%～66%。但由于近年來不少中耳炎、乳突炎得到及時的根治，耳源性腦膿腫的比例已明顯減少。耳源性腦膿腫多為慢性中耳炎、乳突炎并膽脂瘤急性發作導致腦膿腫，其感染途徑多經鼓室蓋或鼓竇波及顱內顳葉的中后部，約占耳源性腦膿腫的2/5。另一部分經乳突內側硬腦膜板波及小腦外側上部，尤其兒童乳突骨質較薄，感染易經Trautman三角區（即巖上竇下方、面神經管上方、乙狀竇前方，三者形成的三角）累及小腦。但小兒鼓室及乳突尚未發育良好，故小兒耳源性腦膿腫少見。小腦膿腫約占耳源性腦膿腫的1/3。耳源性腦膿腫亦可經靜脈逆行轉移到遠隔部位，如額、頂、枕葉，甚至偶有轉移至對側腦部。耳源性腦膿腫多為單發。常見致病菌以變形桿菌及厭氧菌為主，厭氧菌以鏈球菌居多，其次為桿菌，亦可為混合性感染。
由鼻竇炎引起的腦膿腫稱為鼻源性腦膿腫，較少見。多發生于額葉底部，多為單發，偶有多發。多為混合菌感染。頭皮癰癤、顱內靜脈竇炎及顱骨骨髓炎所致的腦膿腫均發生在原發病灶的鄰近，可發生腦膿腫及硬腦膜外、硬腦膜下或混合性膿腫，亦多為混合菌感染，也可能為真菌感染。