辣根過氧化物酶（horseradish peroxidase，HRP）廣泛分布于植物中，因辣根中含量最高而得名，由無色酶蛋白和深棕色鐵卟啉（輔基）構成一種糖蛋白（含糖18%）。此酶溶于水和50%飽和度以下的硫酸銨溶液。
HRP分子量較小（40kDa），標記物容易穿透入細胞內部；作用底物為H2O2，以二氨基聯苯胺（DAB）為供氫體的反應產物為不溶性的棕色吩嗪衍生物，可用普通光鏡觀察；在pH3.5～12范圍內穩定，對熱及有機溶劑的作用亦較穩定，能耐受63℃加熱15min；用甲苯與石臘包埋切片處理或用純乙醇及10%甲醛水溶液固定作冰切片均不影響其活性；溶解性好，100mL緩沖鹽溶液中可溶解5gHRP，并可溶解于62%飽和度以下的硫酸銨溶液中，故常用硫酸銨分級沉淀法分離純化；氰化物、硫化物、氟化物、及疊氮化物等對HRP的活性有抑制作用，應避免使用NaN3作為酶標試劑的防腐劑，以防止失活。
凡能在HRP和H2O2存在時被酶催化H2O2反應而和成有色產物的化合物（供氫體）都可以用顯色劑。供氫體的產物分不溶性和可溶性兩類。前者最常用的為3，3‘二氨基聯苯胺(3,3’diaminobenzidine,DAB)，適用于免疫組化法；反應后的氧化型中間體迅速聚合，形成不溶性棕色吩嗪衍生物；這種多聚物還能還原和螯合四氧化餓，形成具有電子密度的產物，適用電鏡檢查；此外還有飽和聯苯胺溶液，氧化后產物呈黃褐色，多用于酶免疫擴散的深沉線顯色。后者最常用的為鄰苯二胺(O-phenylene diamine,OPD)，產物橙色，可溶性、敏感性高，最大吸收值為490nm，可用肉眼判別；易被濃酸終止反應，顏色可數小時不變，是ELISA中最常用的一種；但對光敏感，使用時要避光，并發現有致癌作用。
用HRP標記抗體需借助交聯劑的作用，將酶連接在抗體分子上。常用的交聯劑為過碘酸鈉和戊二醛(glutaraldehyde,CHO-(CH2)3-CHO)。