根據芋螺毒素作用于生物體內的不同靶位可分為3類：
（1）作用于電壓門控離子通道的CTX，電壓門控離子通道又稱電壓敏感性通道，常以通透離子（如Na+，K+，Ca2+等）命名。
（2）作用于配體門控離子通道的CTX，包括煙堿受體、5-HT3受體、NMDA受體。配體門控通道又稱化學門控通道或遞質依賴性通道，后者按相應的受體命名。
（3）作用于其他受體的CTX，CTX除了作用于離子通道以外，還有以G-蛋白為靶標的，如：芋螺加壓素和芋螺惰性素，以及2種磷脂（conodipine M和PLA2），它們基本上不含有二硫鍵。按其作用的受體靶可將芋螺毒素分為α、ω、μ、δ等多種亞型。