1.HIV抗體的檢測 HIV感染后最早表達p24抗原，持續數周后逐漸消失，但逐漸出現針對p24和gp41等病毒表面蛋白的抗體，當檢查到抗體時即可認為有病毒存在。
2.抗原檢測 ELISA雙抗夾心法可檢測血清和腦脊液中p24抗原，前者有利于確定急性感染者的抗原血癥，后者有利于癡呆綜合征的診斷。
3.PCR技術 可檢測出微量的病毒DNA，放射自顯影方法還可以觀察到病毒存在的部位。
4.腦脊液檢查 包括涂片染色，病毒分離和培養，測定抗原-抗體的效價，并由此以確定感染的類型和病毒體。
5.腦組織活檢 對腦內疑有艾滋病病變者，可通過CT和MRI確定活檢部位，有確診意義。
1.CT掃描 是應用廣泛的檢查方法，通過CT檢查發現艾滋病病人約35%有單純性腦萎縮，25%有局灶性腦損害，HIV腦病，真菌性腦膜炎多正常，掃描異常可見于弓形蟲病(50%～70%)，其他如原發性中樞神經系統淋巴瘤(10%～25%)，進行性多灶性腦白質病變(PML)(10%～22%)；低密度灶增強不明顯者，可能為PML或原發性中樞神經系統淋巴瘤；病灶局限于腦白質者提示為PML；中樞神經淋巴瘤可有占位效應；有環形增強者，特別是病灶位于基底節者提示為弓形蟲病；進行性腦萎縮提示為癡呆復合征，經過治療，CT復查有助于觀察療效和預后。
2.MRI圖像 對早期腦部病變更敏感，較CT檢查更精確，尤其是CT只能顯示單一病灶時，MRI可能提示更多的病灶，弓形蟲病一般為雙側多發顱內異常，若MRI只顯示單一病灶時可除外該病。
3.腦電圖 艾滋病腦病可示基本節律減慢(7～7Hz)，弓形蟲淋巴瘤以局灶改變為主，經治療病情好轉者，腦電圖也可有改善。
4.其他檢查 可根據病變的不同部位，選用不同的檢查方法，如肌電圖，腦血管造影等特殊檢查，以幫助診斷。