現在可以肯定，十二指腸潰瘍的發生和胃酸分泌過多有密切關系。十二指腸潰瘍病人，其平均基礎酸分泌量和最大酸分泌量，都較正常人高出 1（1/2）～2倍。造成胃酸過多的原因是：①壁細胞多，其數量比正常人約多2倍；②迷走神經亢進，對刺激反應的敏感性較大，實驗證明，較弱的刺激可以引起十二指腸潰瘍病人較多、較快的胃酸分泌；③胃排空過速，在胃內未被食物中和好的酸性胃液進入十二指腸，損傷十二指腸球部粘膜，而胃的排空過速又和迷走神經興奮有關。這樣看來，迷走神經張力過高，以致胃酸分泌量過多，是形成十二指腸潰瘍的主要因素。
與此相反，胃潰瘍病人的平均胃酸分泌量卻較正常人為低。胃酸不高的病人如何會形成胃潰瘍，目前有二種主要的說法：一種是胃粘膜抗力缺陷。胃潰瘍常見于慢性胃炎病人。據報道，胃潰瘍病人分泌堿性液的胃竇面積較十二指腸潰瘍病人大二倍，是慢性胃炎的好發部位。過多的膽汁反流入胃，是造成慢性胃炎的主要原因，也同時直接損害、破壞了粘膜；再加上其他削弱粘膜抗力的因素：胃壁血液供應較差、粘液分泌不足、粘膜上皮再生能力差等，引起胃粘膜屏障嚴重損害，以致氫離子大量逆向彌散，粘膜出血、糜爛而形成潰瘍。由此可以推想，慢性胃炎和胃潰瘍病人的實際胃酸分泌量，可能并不低，也可能相當多，只不過是氫離子很快地逆向彌散進入粘膜內，不能測出而已。另一種說法是胃排空延遲，以致胃內食物淤積。長時間的食物滯留可以引起胃竇機械性膨脹，并持續與胃竇粘膜相接觸，導致一時性的胃泌素和胃酸的分泌大量增加，損害粘膜而形成潰瘍。由此可見，不論哪一種說法，胃潰瘍的形成仍是胃酸作用的結果，但是和十二指腸潰瘍發生機制是截然不同的。
醫學上歷來把胃潰瘍和十二指腸潰瘍作為一個疾病來看待。的確，二者無疑有著許多基本共同點：首先是發病都是胃酸作用的結果，都是發生在鄰近于幽門兩側的慢性潰瘍；這種潰瘍都具有不易愈合、愈合后又易于復發的傾向；在疾病過程中都可以引起大出血、急性穿孔、慢性穿透和幽門梗阻等并發癥；都有一部分病人需要外科治療，而且一度普遍應用胃大部切除術，都有較好的療效。
但是，根據近年來的大量研究，發現胃潰瘍與十二指腸潰瘍在疾病過程中每一個環節上，都各有其恒定的特點，二者之間存在著一系列的實質區別。如十二指腸潰瘍好發年齡（20～35歲）平均較胃潰瘍（40～50歲）為小。十二指腸潰瘍集中位于一個特定的狹小部位——球部；而胃潰瘍在自賁門到幽門的廣泛部位均可發生。十二指腸潰瘍的起病與精神神經因素比較密切，多見于情緒不穩定的多愁善感者；而胃潰瘍病人多伴有慢性胃炎；“O”型血型者、唾液中無血型抗原者、肝硬變、甲狀旁腺功能亢進者的十二指腸潰瘍病發生率較高；而藥物（阿司匹林、皮質類固醇）所引起的多為胃潰瘍；十二指腸潰瘍的空腹胃酸、基礎酸分泌量、最大酸分泌量、高峰酸分泌量都明顯高于正常人；而胃潰瘍的胃酸分泌量和正常人相似，甚至較低。在發病機制上，十二指腸潰瘍是迷走神經興奮、胃酸分泌過多所引起；而胃潰瘍或是胃粘膜抗力缺陷，引起氫離子逆向彌散或因胃排空延緩，食物停滯于胃竇，使胃泌素分泌增強的后果。胃潰瘍有惡變可能，而十二指腸潰瘍不會惡變成癌。十二指腸潰瘍對抗酸制劑止痛有良好效果。而在胃潰瘍則療效不明顯。由于以上各方面差異，因而二者對治療方法也有著不同的要求和效果。如十二指腸潰瘍對迷走神經切斷術，效果遠較胃潰瘍為好，這也是選擇外科手術方法所必須考慮到的。總之，綜上所述，從發病機理、臨床表現和治療等各方面，二者是如此的明顯不同，可以認為胃潰瘍和十二指腸潰瘍是二個不同的疾病。